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城市水体中病原微生物潜在生物污染风险,危害人群健康,已引起广泛关注,但是对城市水体中病原微生物的了解仍十分有限。本论文利用分子生物学技术、生物信息技术、细菌分离鉴定技术以及数学分析方法,对城市水体中的主要病原菌的生态学特征,包括病原微生物群落的生物多样性、病原微生物种群结构、时空分布特点进行了系统的研究;对城市污水受纳水体中主要病原菌,特别是优势种群—致病性弓形杆菌（Arcobacter）进行了溯源分析,评估了现有污水处理工艺对城市污水中主要病原菌去除效果,既为城市水体中病原微生物污染控制提供基础数据,也为源头控制致病性弓形杆菌传播奠定了基础。本论文包括以下主要研究内容和结论:（1）提取水体中微生物总DNA,利用PCR扩增水体细菌的16SrDNA基因片段,构建了16S rDNA基因文库,对基因文库中的克隆测序后进行序列比对,进而分析水体细菌种群结构。镇江市城市受纳水体—内江中细菌分属9大细菌类群,本研究采用的分子生物学方法较为充分地体现了水体中细菌种群的多样性,存在现行水质生物监测指标以外的多种新型病原菌。其中,变形菌（Proteobacteria）为主要细菌类群,Arcobacter为优势菌群,占总检测样品的76.8%,推测其来源于城市污水。（2）内江水体中主要病原菌生物活性研究。根据水样中16S rDNA分析结果,采用传统的细菌分离鉴定方法,并通过生理生化指标和细菌16S rDNA序列分析,分离并鉴定了11株分别属于产碱杆菌、气单胞菌、变形菌、不动杆菌等变形菌群的Beta和Gamma亚群的细菌。采用23S rDNA上Arcobacter种属特异性引物,通过PCR扩增技术分析了内江水体中致病性Arcobacter的活性,证明水体中致病性Arcobacter具有潜在的增殖能力。上述结果表明:内江水体中主要病原菌具有生物学活性。（3）对内江水体微生物逐级构建的16S rDNA基因文库,采用多样性估算指数SACE和SChaol进行计算,两者之一达到稳定或两者同时达到稳定时基因库中的克隆数作为全面反映细菌种群多样性的最小库容值。当构建的内江水体16S rDNA基因文库中测序克隆数约为100个时多样性估算达到最大值。（4）利用本研究建立的水体中细菌群落结构分析方法,对内江水体中细菌种群结构、主要病原微生物的时空分布特征研究发现,不同区域位置水体中细菌类群的总体结构没有明显差异,均以变形菌类群为水中的主要菌群;致病性Arcobacter为水体中的优势菌群,Arcobacter cryaerophilus所占比例最高。在水体不同区域主要的病原细菌的组成与城市污水溢流口的方位和距离有关,推测内江水体中主要病原微生物来源于城市污水。（5）通过细菌时空分布特征和主要病原菌的生物信息学分析,证明内江水体中微生物种群结构与污水处理厂出水中种群结构相同;内江水体中主要病原菌来源于城市污水,优势细菌菌群Arcobacter主要来自医院污水和居民区生活污水;Trichococcus pasteuri主要来自城市污水中的医院污水;梭菌（Clostridium）则主要来自城市污水中的菜场污水和医院污水;内江水体中其他来自城市污水中的病原菌则与不同来源处的城市污水无明显关系。（6）以污水处理厂进水水样和污水处理工艺Ⅰ和处理工艺Ⅱ处理后的出水为研究对象,利用分子生物学技术和生物学信息学技术对水体中的细菌种群进行了分析。两种污水处理工艺对细菌群落的组成没有明显改变,但处理工艺Ⅰ对部分主要的病原菌均有明显的消减作用,存在种属差异,并且对优势种群Arcobacter cryaerophilus的控制效果与处理水温有明显关系,推测工艺Ⅰ对Arcobacter cryaerophilus消减作用主要是通过吸附沉淀作用实现的;处理工艺Ⅱ中紫外消毒能有效地消减优势种群Arcobacter cryaerophilus以外的其他病原菌,表明优势种群Arcobacter cryaerophilus对紫外线作用不敏感。