烟草在我国种植范围极广泛,具有多种医用价值和工业价值。郴州是湖南省重要的产烟区,从郴州烟田中发现一种烟草病害,病症表现为烟叶上有大量的点状褐色病斑,且病斑周围环绕有黄色晕圈,与烟草野火病病状非常相似。我们采集病叶后,在实验室内采用涂布稀释法对引起该病害的病原菌进行分离纯化,并将致病菌进行全基因组测序,进而运用生物信息学方法进行组学分析。主要结果如下:（1）病原菌的分离和鉴定。从烟叶病斑中初步提取7株植物内生菌,PCR扩增其16S r DNA进行测序,NCBI比对结果显示A2菌株的16S r DNA与蒙氏假单胞菌Pseudomonas monteilii CIP 104883的一致性为99.80%。与假单胞菌属内主要已知种的标准菌株16S r DNA构建系统发育树,结果显示菌株A2与Pseudomonas monteilii CIP104883聚为一支。在健康烟株烟叶上进行菌株A2侵染实验,接种5天后可以观察到有明显的病斑出现,对烟叶有致病性。根据以上的实验结果判断,菌株A2为蒙氏假单胞菌,蒙氏假单胞菌对烟草具有致病性是首次被发现并证实。（2）蒙氏假单胞菌A2的全基因组测序及进化分析。利用Illumina Hiseq测序平台结合Pac Bio测序平台获取A2全基因组完成图。A2全基因组全长5674770bp,GC含量61.66%,只有一条环状染色体不含质粒。对A2基因组上基因数量进行预测,共有5168个基因,占全基因组总长的88.40%。对A2基因组上非编码RNA进行预测,其中t RNA有76个,5S RNA有8个,16S RNA和23S RNA都为7个。A2全基因组序列与Pseudomonas monteilii B5全基因组序列的平均核苷酸一致性达到99.65%。基于A2全基因组和52个假单胞菌属主要已知种全基因组构建的系统发育树结果显示,A2与Pseudomonas monteilii 1709188607聚为一支,进一步证实了菌株A2为蒙氏假单胞菌。（3）蒙氏假单胞菌A2的基因功能注释及毒力因子分析。将A2全基因组中预测到的基因注释到公共数据库上,对基因和蛋白质功能进行预测和分类:比对到GO数据库上,注释到3597个基因,除去功能尚不明确的基因外,大多数注释到的基因的功能是与细胞新陈代谢相关;注释到KEGG数据库上的基因有2821,其中参与代谢通路的基因数量最多;与COG数据库比对,注释到4347个基因,大部分基因功能与生物学过程相关;与毒力因子数据库VFDB比对,预测到菌株A2可能存在的104个毒力因子基因,这些基因可能编码与鞭毛合成和运动、细菌粘附性和细胞毒素等相关的23类毒力因子。本研究鉴定出的新烟草致病菌及其组学分析结果,为探求该病原菌对烟草的致病机制提供较坚实基础。