我国民办高校作为对公办教育的补充，在发展初期不可避免的存在许多问题，如产权的界定、教学质量如何保障、学校内部运行机制如何完善等等，而建立和完善民办高校的治理结构是解决上述问题的根本途径。本文以经济学理论为基础，对中国民办高校的内部和外部治理结构进行了系统的研究。 本文首先对中国民办高校的治理机构及其职能进行了分析，认为一个完善的高校治理机制应该包括内部治理和外部治理两个层面，外部治理是内部治理实施的框架和约束，内部治理则以外部治理为基础，是外部治理的内生性制度安排。 在对民办高校内部治理的研究中，首先分析了内部治理中激励、监督和决策这三个核心问题及其对学校内部组织结构的要求，然后在此基础上比较了国内外民办(私立)大学的内部组织结构演变过程，并且重点分析了大学所特有的学术一行政二元权力对内部治理结构的影响。此外还探讨了董事会和校长之间的委托—代理问题，学校管理层的诚信责任问题等。 在对民办高校外部治理机制的研究中详细考察了法律环境、政策环境、管理环境和经济环境四个不同层次的内容，包括政府在外部治理中的政策制定、评估检查、对师资市场的规范等方面的作用；学生、家长、社会、企业在内的其他利益相关者对民办高校董事会的决策、校长的管理、学校财务运作的知情权和监督权的运用与实现等。 第六章对大学治理进行了国际比较，发现各国在大学外部治理机制上都注重以法律手段体现政府对大学的规制，在内部治理机制的构建上则通过一套完善的分权制衡和共同参与模式实现行政权力和学术权力的并行不悖的良性发展。第七章则通过两个案例，从正反两方面论述了我国民办高校治理结构的经验和教训。 最后，本文还对我国民办高校治理中比较重要但前文尚未述及的若干问题进行总结梳理。具体包括民办高校治理中的产权界定、治理机制的实现方式以及我国民办高校治理模式的选择问题等。研究认为，在法律清楚界定民办高校产权以及最终控制权的基础上，通过政府职能从微观干预到宏观规制的转型，健全董事会领导下的校长负责制，采取“利益相关者共同治理”的模式，是符合我国实际的民办高校治理发展道路。