采用8个棉花黄萎病菌（Verticillium dahliae）代表菌系和33个北方菌系，在温室条件下，选用鄂荆1号（感）、中-12（耐）、文5（抗）和唐棉2号（抗）4个不同的棉花品种进行致病性测定，其结果根据病株落叶与否可将供试菌系分为落叶型与非落叶型两类。 选用25对EcoRI和MseI引物组合，对供试的41个V.dahliae进行AFLP扩增，筛选到两对引物E64（GACTGCGTACCAATTCGAC）、M53（GATGAGTCCTGAGTAACCG）和E49（GACTGCGTACCAATTCCAG）、M65（GATGAGTCCTGAGTAAGAG），能分别扩增出433bp和110bp两条仅为V.dahliae非落叶型菌系独有的特异片段，可将落叶型与非落叶型菌系分开，这两条特异片段被命名为EM₄₃₃和EM₁₁₀。 将特异片段EM₄₃₃进行回收、克隆、测序，在此基础上设计并合成两条SCAR标记引物5’-CGAGACGTCCGAGTCGATATAGC-3’和5’-GTCGTCCTTCTAGTGGGTATCCTCC-3’，对41个V.dahliae进行扩增，10个非落叶型菌系中有9个菌系可以扩增出特异片段，31个落叶型菌系中29个菌系无此特异片段，鉴定准确率可达90％以上。故此，该EM₄₃₃条带可以用于鉴别非落叶型菌系。 从25对引物中，选取其中多态性丰富的8对，统计带型整齐清晰且有多态性的扩增条带，共169条作系统聚类分析，将上述菌系分为两大类，第一类包括10个非落叶型菌系和1个过渡菌系；第二类包括30个落叶型菌系类，4个落叶型对照菌系和26个北方菌系。分析聚类树状图，发现菌系在地理来源上存在一定的相关性，但依据菌系致病力强弱划分类群，则相关关系不大。