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隐孢子虫(Cryptosporidium)、毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)、十二指肠贾第虫(Giardia duodenum)和芽囊原虫(Blastocystis)是四种重要的人畜共患肠道原虫,可感染人、野生动物、伴侣动物、鸟类和多种家畜,免疫正常的人群感染此类疾病通常无明显症状,而对于儿童或免疫缺陷的人群感染后可导致严重的腹泻。我国已经在不同地区发现家畜或圈养野生动物可以感染这些寄生虫,然而关于这四种肠道原虫在我国东北地区梅花鹿的传播与流行情况尚不清楚。因此为了解这四种肠道原虫在东北地区梅花鹿的感染情况及人兽共患传播风险,本研究于2017年9月至2018年12月期间采集东北地区13个养殖场共计818份梅花鹿粪便样本进行四种肠道原虫流行病学调查及基因型分析。经PCR扩增、电泳鉴定,测序分析、序列拼接比对以及系统进化分析,获得如下结果:1基于隐孢子虫18S rRNA基因位点进行巢式PCR扩增发现隐孢子虫总感染率为1.1%(9/818,95%CI 0.39-1.82)。不同地区的感染率在0%~1.49%之间,其中吉林省感染率最高1.49%(8/538,95%CI 2.80-13.86),而辽宁省和内蒙古自治区未检测到隐孢子虫感染。在其他类别中,断奶后梅花鹿感染率为1.14%(9/787,95%CI 0.40-1.89),高于断奶前梅花鹿感染率0%(0/31);雄性梅花鹿的感染率为1.29%(9/699,95%CI 0.45-2.12),高于雌性梅花鹿感染率0%(0/119);养殖基地的感染率为1.49%(8/465,95%CI 0.53-2.90),高于单牧场感染率0.28%(1/353,95%CI-0.27-0.84),经过统计学分析显示,梅花鹿隐孢子虫的感染情况与养殖地区和养殖模式无显著相关性(P>0.05)。通过序列分析共鉴定出1种隐孢子虫虫种:Cryptosporidium deer。2基于毕氏肠微孢子虫核糖体内部转录间隔区(ITS)的巢式PCR扩增发现毕氏肠微孢子虫总感染率为13.57%(111/818,95%CI 11.22-15.92)。不同地区的感染率在0%~17.84%之间,吉林省的感染率最高17.84%(96/538,95%CI 14.61-21.08),内蒙古自治区未检测到毕氏肠微孢子虫感染。在其他类别中,断奶后梅花鹿的感染率为14.10%(111/787,95%CI 11.67-16.54),高于断奶前梅花鹿感染率0%(0/31);雄性梅花鹿感染率为15.88%(111/699,95%CI 13.17-18.59),高于雌性梅花鹿感染率0%(0/119);养殖基地的感染率为20.22%(94/465,95%CI 16.55-23.88),高于单牧场感染率4.82%(17/353,95%CI 2.57-7.06),经统计学分析显示梅花鹿毕氏肠微孢子虫感染情况与养殖地区和养殖模式有极显著相关性(P<0.01)。本研究共鉴定出6种已知的毕氏肠微孢子虫基因型(JLD-III、JLD-IX、JL D-VII、EbpC、BEB6和I)和10个新基因型(LND-I、JLD-XV-JLD-XXIII),其中BEB6为优势基因型。系统发育分析显示EbpC在Group 1d组;JLD-III、JLD-XIX、JLD-XVII、JLD-XXII和JLD-XVI在Group 1a组;其他10个基因型JJLD-IX、JLD-VIII、BEB6、I、JLND-I、JLD-XV、JLD-XXIII、JLD-XX、J LD-XVII和JLD-XXI在Group 2组。应用多位点序列分型(MLST)方法,选择MS1、MS3、MS4以及MS7位点对毕氏肠微孢子虫阳性样本进行多态性和群体遗传结构分析,结果显示111份阳性样品中,共有16份阳性分离株在至少2个位点同时扩增成功,形成10个多位点基因型(Multilocus Genotypes,MLG s),结果显示相同的基因型之间存在不同亚型,表明东北地区梅花鹿毕氏肠微孢子虫具有丰富的遗传多样性。3通过巢式PCR基于十二指肠贾第虫BG基因(β-giardinβ-贾第素)、G DH基因(glutamate dehydrogenase谷氨酸脱氢酶基因)和TPI基因(triose-ph osphateisomerase磷酸丙糖异构酶基因)的三个位点进行扩增。分别在BG基因检测到3个阳性样品,GDH基因检测到3个阳性样品,TPI基因未检测到阳性样品,其中1个样品在BG基因和GDH基因同时检出,检测的总感染率为0.61%(5/818,95%CI 0.00-1.15)。不同地区的感染率在0%~0.93%之间,吉林省的感染率最高0.93%(5/538,95%CI 0.12-1.74),其他三个地区未检测到十二指肠贾第虫感染。在其他类别中,断奶后梅花鹿的感染率为0.64%(5/787,95%CI 0.00-1.19),高于断奶前梅花鹿感染率0%(0/31);雄性梅花鹿感染率为0.72%(5/699,95%CI 0.00-1.34),高于雌性梅花鹿感染率0%(0/119);养殖基地的感染率为1.08%(5/465,95%CI 0.13-2.02),高于单牧场感染率0%(0/353)。通过序列分析鉴定出东北地区梅花鹿感染十二指肠贾第虫Assemblage E和Assemblage A,优势基因型为Assemblage E。4基于芽囊原虫18S rRNA基因位点进行常规PCR扩增发现芽囊原虫总感染为1.22%(10/818,95%CI 0.47-1.98)。不同地区的感染率在0%~1.86%之间,吉林省感染率最高为1.86%(10/538,95%CI 0.71-3.00),而其他三地区未检测到芽囊原虫感染。在其他类别中,断奶后梅花鹿的感染率为1.27%(10/787,95%CI 0.49-2.05),高于断奶前梅花鹿0%(0/31);养殖基地的感染率为2.15%(10/465,95%CI 0.83-3.47)高于单牧场感染率0%;雌性梅花鹿的感染率为3.36%(4/119,95%CI 0.10-6.64),高于雄性梅花鹿感染率0.86%(6/699,95%CI 0.17-1.54),经统计学分析显示梅花鹿芽囊原虫感染率与性别有显著相关性(P<0.05)。本研究共鉴定出2种芽囊原虫基因型ST10和S T14,其中ST10为优势基因型。本研究利用分子生物学的方法对东北地区梅花鹿四种肠道原虫分子流行病学特征及人兽共患病风险进行了调查评估。研究结果不仅为梅花鹿四种肠道原虫病防控提供科学依据,也为防控四种肠道原虫在人和动物间的传播提供了基础数据。