本实验利用AFLP（Amplified Fragment Length Polymorphism）技术对2 3个牡丹品种进行了多态性研究。采用改进的SDS方法，从牡丹成熟叶片中提取基因组DNA，所得DNA样品的A₂₆₀／A₂₈₀在1.7～1.8之间，琼脂糖凝胶电泳主带清晰、DNA纯度高、较少降解、不含酶反应抑制剂，可被Mse Ⅰ和Pst Ⅰ两种限制性内切酶完全酶切。通过酶切连接、预扩增、选择性扩增、银染等试验过程，成功建立了牡丹品种AFLP银染反应体系，得到了清晰的指纹图谱。 通过8对引物对牡丹基因组DNA进行了检测，共得到了243条谱带，平均多态性比率为80.3％。用SPSS11.5软件Average Linkage（within group）进行的聚类分析结果表明：这23个牡丹品种被聚为2类即中原牡丹品种为一类，日本牡丹品种为一类：种源组成不同的牡丹品种各自聚在一起，与孟丽等的研究结果一致，即产地来源对牡丹品种亲缘关系的影响比其他性状更为突出，同时从分子水平上证明了种源组成是品种分类的前提性标准。 这2个遗传聚类组的划分与牡丹品种花型、花色的形态学划分并不完全一致，与孟丽等研究结果一致。花型相同的牡丹品种并不一定聚在一起，花色相同的牡丹品种也不一定聚集在一起，只有在其他形态学性状相差不大时才聚在一起，也即只有亲缘关系较近时才会聚在一起。由此可以看出，AFLP技术比单一的形态学性状更能真实地反映出牡丹品种间的亲缘关系，因此，AFLP技术是研究牡丹品种分类和进化的理想工具之一。 从遗传聚类图上可以看出，在中原牡丹品种群中，传统品种银粉金鳞与其他品种亲缘关系最远，青山贯雪与金星雪浪关系最近；在日本牡丹品种中，扶桑司与其他日本品种的亲缘关系最远。吉野川与花遊关系最近；牡丹花期的早晚与牡丹品种亲缘关系的远近没有一致性，因此不适合作牡丹品种分类的标准。 本试验丰富了牡丹组植物分子系统学的研究，得到了部分牡丹品种之间的遗传距离图谱，为进一步研究牡丹组植物的演化关系奠定了基础：利用这种亲缘关系的远近可为我国牡丹新品种的培育提供一定的科学依据，从而为我国牡丹产业的发展做出贡献。