目的:化橘红和广陈皮同为芸香科柑橘属药用植物,因其临床效果显著,作为一线中药材在临床上被广泛使用。其价格不菲,市场上逐渐出现了一些化橘红和广陈皮的伪品药材以假乱真,欺骗患者。伪品的出现不但影响临床疗效,更是危害到患者的身体健康,因此,研究南药化橘红和广陈皮的DNA条形码、将DNA条码技术应用到化橘红和广陈皮的检定当中,能快速有效准确的鉴别药材的真伪,保障患者的利益。同时,利用分子标记研究药材的遗传多样性,为南药化橘红和广陈皮的种质资源提供依据。方法:采集不同地区居群的目标植物叶片,硅胶干燥保存。应用试剂盒法提取化橘红和广陈皮的基因组DNA,扩增ITS2、psbA-trnH、ITS、matK、rbcL5种DNA条形码序列。用Sanger法进行双向测序,对双向测序后的序列进行拼接,应用紫外分光光度法、Biodiet软件对DNA条形码提取质量进行评估。用Mega6对化橘红和广陈皮序列进行对比分析,以及对芸香科柑橘属的其他近缘种植物的各5种通用条码序列进行序列对比鉴定。分析鉴定结果。同时,分别从100条引物中筛选出适合这两种药材的8条引物做ISSR分子标记。对7个不同居群的化橘红和13个不同居群的广陈皮进行分子标记,用以利用bandscan软件查看凝胶电泳胶图结果,把结果转化成0/1矩阵图,利用POPGENE对矩阵图进行结果分析。利用软件NTsys 2.10e构建UPGMA树状图进行聚类分析和主坐标分析,评价化橘红和广陈皮的遗传多样性情况。结果:psbA-trnH序列能把不同居群的化橘红和广陈皮分别聚在一起,其他近缘种植物也能各自聚集成组,样品植物能与其近缘种明显分开。ITS2序列中化橘红第一个居群的两个基因没能与伪品分开,化橘红14个基因成功鉴定出12个。ITS序列中化橘红和广陈皮各自聚在一起,但广陈皮与立花橘没能分得开。matK序列中化橘红与甜橙的序列较相似,有一条序列没分开,广陈皮能鉴定成功。rbcL序列的表现最不理想,与多个近缘种聚在了一起。采用8对引物对35份化橘红的DNA进行做PCR扩增,共得到60条谱带,其中多样性条带54条,多态百分率为90.0%。化橘红7个居群间遗传距离在0.0723到0.2959之间,遗传一致度在0.7439到0.9302之间,居群6的基因多样性指数h*最高,为0.2347,Shannon指数I*最高,为0.3489,多态百分比最高,为61.67%;居群1的基因多样性指数h*最低,为0.0720,Shannon指数I*最低,为0.1087,多态百分比最低,只有20%。不同居群的化橘红的总遗传多样性Ht为0.2828,其中居群内的基因多样性Hs为0.1806,居群间基因多样性为0.1022。不同居群间的遗传分化系数Gst为0.3616,基因流Nm*为0.8829。35份化橘红个体的相似系数在0.57到0.98之间几乎全部分开,在以0.71处为阀值,可将将35份化橘红分为6大类。38份广陈皮的DNA对8对引物做PCR扩增,共得到60条谱带,其中多样性条带45条,多态百分率为81.8%。13个居群间的广陈皮遗传距离在0.0389到0.4864之间,遗传一致度在0.6373到0.9619之间,其中居群5的基因多样性指数h*最高,为1.1616,Shannon指数I*最高,为0.2315,多态百分比也最高,为36.36%;居群10的基因多样性指数h*最低,为0.0485,Shannon指数I*最低,为0.0694,多态百分点也最低,只有10.91%。不同居群的广陈皮的总遗传多样性Ht为0.2804,其中居群内的基因多样性Hs为0.1150,居群间基因多样性为0.1654。不同居群间的遗传分化系数Gst为0.5898,基因流Nm*为0.3477。38份广陈皮个体的相似系数在0.65到0.96之间几乎全部分开,在0.72处将38份广陈皮分为5大类。结论:psbA-trnH条形码和ITS2、ITS条码可以结合起来作为化橘红和广陈皮的鉴定条码可以区分化橘红、广陈皮及其近缘种。化橘红和广陈皮都具有较丰富的遗传多样性。