为有效地打击海峡两岸刑事犯罪,保障两岸民众的生命、财产安全,维护两岸社会秩序的安稳,2009年4月26日,两岸共同签署了《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》(以下简称《两岸司法互助协议》),成为两岸共同打击犯罪的合作依据。调查取证作为两岸刑事司法互助的重要内容,为两岸能共同有效地打击刑事犯罪提供切实保障。自两岸签订《两岸司法互助协议》后,在调查取证合作方面有重大突破。但,由于两岸刑事诉讼法证据制度存在差异,导致两岸依据司法互助协议调查所得的证据在适用中存有争议。证据作为刑事诉讼保障人权的灵魂,解决两岸刑事司法互助调查取证存在的问题,是促进两岸刑事司法互助发挥实质性有效作用的核心环节。目前,两岸刑事司法互助在调查取证方面存在证据能力认定不一、人权保障程度差异明显、准据法适用模糊、取证方式单一、取证效率过低等问题。这些问题的发生,主要是由于两岸刑事证据制度存在差异,突出体现为台湾地区传闻证据法则、被告人对质诘问权的保障、讯问犯罪嫌疑人、被告人时缄默权告知以及辩护律师在场权、询问证人具结程序以及采取强制侦查措施需法官令状。然而大陆地区《刑事诉讼法》对上述的规定未尽相同。由此可知,两岸刑事诉讼法在犯罪嫌疑人、被告人、证人权益保障方面仍存有差距,这些差距导致两岸在调查取证协助时发生诸多问题。本文欲先从刑事司法互助以及调查取证的理论渊源为切入点进行探讨;揭示两岸刑事司法互助调查取证的现状及存在的问题;以两岸刑事诉讼相关制度的差异进行比较,分析两岸在共同合作调查取证时存在问题的原因;再对当前域外刑事司法互助调查取证制度进行考察;进而借鉴欧盟刑事司法互助调查取证中统一证据令、联合侦查以及相互承认模式,提出解决两岸刑事司法互助调查取证问题的方法。为日后两岸通过刑事司法互助调取所得的证据能够得以明确适用,发挥《两岸司法互助协议》的实质性价值贡献绵薄之力。