根据2011年国务院下发的《关于分类推进事业单位改革的指导意见》,我国科技服务事业单位在分类改革后仅余公益一类和公益二类保留在事业单位序列。其中的公益二类事业单位,从内部管理而言,由于改革后财政资金拨付方式的转变,资金来源渠道及业务种类的多样化使其在管理上更具复杂性;从外部而言,随着政府购买服务的推进而引入的市场竞争使其迫切需要提高服务质量和效率。因此,如何通过加强科技服务事业单位的内部控制提高其整体管理水平,在保持合规性、公益性的同时提高自身服务效率和竞争力是一个亟需解决的问题。本文以A中心为案例研究对象,从公益二类科技服务事业单位的特殊性出发,通过区分A中心不同经费来源进而梳理了中心各项内部控制业务的特点和实施情况,再结合《行政事业单位内部控制规范（试行）》（下称《规范》）对业务层面内部控制的规范对A中心各项控制活动所存在问题进行研究,最后根据COSO内部控制理论和《规范》的要求,提出了内部控制体系的优化思路,并针对目前其内部控制存在问题提出相应的优化建议和具体措施。本文通过案例分析法对公益二类科技服务事业单位——A中心的内部控制建设进行研究,力求促进该单位逐步完善其内部控制体系。同时,亦为其他处于分类改革过渡期的科技服务事业单位内部控制建设提供经验借鉴。