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结直肠癌是全球发病率和死亡率都高的恶性肿瘤之一,在发达国家尤为明显。随着我国社会及经济的发展,结直肠癌也逐渐成为我国常见的消化道恶性肿瘤之一。结直肠癌由于其早期症状不明显,通常诊断时已是中晚期甚至已经发生转移,这是其治疗效果不佳、预后不良及死亡率高的主要原因。目前公认的结直肠癌的发病机制是在环境因素和遗传因素的共同作用下,经过多个步骤、多个阶段的复杂过程发展而来的,其中肿瘤相关基因遗传变异起着非常重要的作用。文献报道,PC4基因与肺癌、前列腺癌、乳腺癌等肿瘤都有关,但目前为止尚无与结直肠癌相关的文献报道。通过数据库检索得知,PC4在正常的结肠中有表达。但关于PC4基因的多态性的研究非常稀少。大量研究显示,肿瘤相关基因启动子区多态性与肿瘤的发病风险相关联。本研究的目的在于通过病例对照的关联分析,了解PC4基因启动子区多态性与结直肠癌的发病风险之间的关系,探索PC4基因多态性在结直肠癌发病过程的作用及新的具有潜在意义的分子标记为探寻结直肠癌早期筛查和早期诊断的方法提供新的思路。 研究内容和方法: 1、生物信息学研究 查阅相关文献及数据库,使用生物信息学工具及数据库检索PC4基因启动子区潜在功能性SNP位点,结合多个数据库的信息筛选最终用于下一步研究的SNP位点。 2、SNP基因分型 通过实时荧光定量PCR对病例组和对照组DNA样本进行扩增,以探针法PCR和sanger测序法进行基因分型。 3、病例组和对照组关联分析 采用卡方检验和logistics回归分析,检测各个SNP位点在病例组和对照组中的差异,通过研究对象的人口学和社会学特征校正后,获得SNP与结直肠癌发病风险之间的关系。 研究结果: 1、生物信息学分析的结果 SNP(NCBI)数据库中筛选PC4基因启动子区的候选SNP,合并GRCh37.p13和GRCh38.p7两个版本的数据,共48个候选SNP位点;将这48个SNP位点分别输入SNP2TFBS、SNPinfo 和 MAPPER2 在线工具,筛选出 7 个候选 SNP 位点,分别为rs2008245、rs116123859、rs11555314、rs6891588、rs10061905、rs368305438 和rs182519875。 2、SNP分型及多因素关联分析 关联分析结果表明,7个潜在功能性SNP中,仅rs116123859位点CT+TT基因型、rs6891588位点AG+GG基因型与CRC的风险增加有显著关联。随个体携带的“风险”倾向基因型的数量增多,CRC 风险也随之有明显增加的趋势。单倍型分析结果提示, T_C_C_G_G_A_A、T_G_A_G_G_G_A单倍型者患CRC的风险则是其他单倍型(组)的2倍。 经家族史、肿瘤部位分层分析后,rs6891588 位点 AG 基因型在无家族史者中与CRC(OR=1.34, 95%CI=1.00-1.79)以及与直肠癌发病风险(OR=1.36, 95%CI=1.01-1.85)风险增加的关联显著。此外,rs182519875的GG基因型者直肠癌的风险也呈显著增高。对“风险”倾向基因型数量和单倍型的分层分析结果与总体分析的结果则基本一致。 结论:PC4 基因启动区单核苷酸多态性与结直肠癌的风险之间具有显著关联性,这对于探索早期结直肠癌的分子生物学标志具有重要意义。