耕地作为人类赖以生存和发展的重要物质来源具有多种生态服务功能,是人类和其它生物健康的重要保证。但耕地的生态价值一直被当作外部价值,导致耕地资源的比较效益低下,为非农化提供了潜在条件。而从区域角度来看,耕地保护任务和经济发展水平的不对等,进一步加大了人地矛盾,引发了社会的不和谐因素。为让耕地外部性效益内在化,让耕地生态补偿能成为促进区域间公平发展,实现利益均衡的重要杠杆,论文尝试性地测算区域耕地生态价值补偿量,并构建运行机制。论文在肯定已有的区域生态补偿理论及实践成果的基础上,也指出了当前研究中存在的不足。并以区域发展理论、外部性理论、公共物品理论和生态资本理论为支撑,从补偿原则、主体界定、补偿方式及模式四方面构建了生态价值补偿的理论框架,明确了相关主体的权利义务关系及行为特征。论文还以区域耕地生态服务价值提供为依据,以耕地生态超载指数为区域耕地生态服务价值转移的测度,结合地区经济社会发展水平,综合测算区域耕地生态价值补偿的思路和方法。并以江苏省为例,测算江苏省13个地级市支付/获得补偿的金额。研究结果表明：江苏省耕地生态总体上处于盈余状态,其中苏南地区耕地生态服务价值难以满足本地区生态承载需求,应通过支付耕地生态补偿费以补偿自身的不足；苏中和苏北地区则相反,是耕地生态服务价值输出区,理应获得耕地生态补偿。同时,论文构建了基于补偿基金委员会的区域间财政横向转移支付的运行机制及保障措施,确保补偿到位。论文以行政区域为研究单位,完成了生态效益受益区对生态效益输出区的价值补偿及补偿机制,在现行空间管制的行政管理体制下,具有普适意义；区域耕地生态价值补偿框架及运行机制的构建,进一步丰富了区域生态补偿理论,可为国家和地区在国有和类似地区耕地生态补偿模式构建、补偿测算方法及相关政策制定等方面提供参考依据和建议。