采用纯培养法和免培养法等方法对新疆阿克苏农一师三团不同连作年限种植的棉花根际土壤的微生物种群结构和土壤质量进行分析,分离筛选了5株能够有效防治棉花黄萎病的生防菌,并对其中2个进行了鉴定,为新疆棉花黄萎病的防治提供新的防治思路,具体研究结果如下:1.棉花根际可培养微生物的数量细菌>放线菌>真菌,其数量范围分别为:1.27×10⁸-6.9×10⁹、0.44×10⁶-1.6×10⁸和0.3×10⁶-1.04×10⁶CFU·g^-1鲜土。随着连作年限的增加,真菌数量呈上升趋势;细菌数量则随着连作年限的延长呈现先增加后减少的趋势,第13年的时候达到最大值,然后逐渐下降;放线菌的变化趋势与细菌相似。通过棉花与水稻轮作,可有效提高土壤中细菌和放线菌数量,减少真菌数量。微生物分子指纹图谱DGGE分析结果表明,健康植株根际土壤有着更加复杂的微生物群落结构和生物活性。2.随着棉花连作年限的增加,土壤中酶活性除过氧化氢酶活性的变化趋势不明显以外,磷酸酶、蛋白酶、脲酶、蔗糖酶以及纤维素酶活性的变化均呈先升高后降低的趋势,但是峰值出现的年份不同。健康棉花根际的六种酶活性均高于发生棉花黄萎病棉株的土壤酶活性。稻-棉轮作健康土壤的脲酶活性明显高于其它土壤,达376mg NH3-N/10⁰g土·24h,是种植25年发病土壤脲酶活性的12倍。3.随着连作年限的增加,棉田土壤中微生物生物量C、N和P都呈现先升高后降低的趋势,在连作13年的左右达到最高。健康棉花根际土壤中的微生物生物量C、N和P均高于发生棉花黄萎病的棉株根际土壤中土壤微生物生物量C、N和P。种植13年的土壤中,健康土壤中的微生物生物量碳,为907.25mg/kg,是发病土壤中的2倍。4.采用多种筛选方法相结合的方式从棉花根围土壤中分离出282株细菌,结合本实验室保存的对新疆加工番茄有防病促生效果的21株生防菌进行了对棉花黄萎病防治效果的筛选,最终获得抑菌效果较好S258、S128、S171、S44和S37等5个菌株。通过对S258、S171的生理生化特征测定以及16SrDNA序列分析表明:S171为Bacillus amyloliquefaciens、S258为Bacillus subtilis。