柑橘属(Citrus L.)由林奈1753年订立,系芸香科(Rutaceae)柑橘亚科(Aurantioideae)植物。在过去250余年的时间里国内外学者对柑橘属植物的分类和系统发生问题从形态到分子开展了一系列研究。然而,现有的柑橘分类系统在亚属划分和种的数目等问题上分歧依然很大。柑橘属植物系统进化的基本框架(即原始野生类型的种类、起源及其系统进化关系)迄今仍不清楚。Swingle(1943)根据雄蕊数目及汁胞构造将柑橘及其近缘的五个属,枳属(Poncirus)、金柑属(Fortunella)、澳枳檬属(Microcitrus)、澳沙檬属(Eremocitrus)、多蕊檬属(Clymenia)一起划分到真正柑橘果树类。由于柑橘芽变、栽培历史悠久以及与近缘属之间的有性杂交等因素,柑橘及其近缘属植物之间的分类和系统进化关系迄今仍无定论。柑橘类果树具有很高的经济价值,准确地弄清柑橘及其近缘属植物之间的系统进化关系,对柑橘属植物的遗传育种、种质资源的深入研究、保护利利用都具有重要的理论和实践价值。AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism)是一种高效、快速、可靠的DNA分子标记。在本研究中,我们采用AFLP分子标记技术对芸香科(Rutaceae)柑橘亚科(Aurantioideae)柑橘及其近缘属植物的59个生物类型以及九里香(Murraya exotica L.)、蚝壳刺(Severiniabuxifolia Tenore)和酒饼簕(Atalantia buxifolia Oliv.)进行了分析。从64对引物组合中筛选出15对分辨率好的引物对全部材料进行了扩增,共获得312条带,其中多态型带305条,多态位点达97.8%。利用PAUP软件构建了全部材料基于AFLP数据的UPGMA距离树。结果表明,AFLP证据支持基于形态特征建立的真正柑橘果树类以及群内各属的划分,只是金柑属(Fortunlla Swingle)作为一个独立的分支嵌于柑橘属(Citrus L.)内。对于柑橘属,我们的分子证据支持Swingle关于亚属的划分以及Scora等关于C.medica,C.grandis和C.reticulata是真正柑橘亚属(Subgenus Eucitrus)三个基本种的观点。AFLP分子证据显示宜昌橙(C.ichangensisSwingle)位于真正柑橘亚属中,与香橙(C.junos Sieb.ex Tanaka)的亲缘关系最近,而与大翼橙亚属(Subgenus Papeda)中马蜂柑(C.hystrix D.C.)相隔甚远。另外,莽山野橘(C.mangshanensisS.W.He & G.F.Liu)在系统树上居于宽皮柑橘类的基部。最后,对柑橘属及其近缘属植物间以及柑橘属各主要类型(种)的进化关系进行了详细的讨论。