本论文主要围绕α-葡萄糖苷酶及其穿新莲内酯类抑制剂进行了理论计算方面的研究。主要包括同源建模、分子对接、3D-QSAR以及进化踪迹的研究。首先以寡聚-1，6-葡萄糖苷酶的晶体结构为模板利用同源模建方法构建了与其高度同源的α-葡萄糖苷酶的三维结构，并对模建结构的合理性进行了分析。采用InsightⅡ／Binding site analysis方法搜寻得到了α-葡萄糖苷酶活性位点的位置、大小和形状，发现His111，Asp214，Glu276，His348和Asp349为酶催化的关键性残基。在模建的结果上选择了17个穿新莲内酯类化合物与α-葡萄糖苷酶进行分子对接计算，采用Cerius~2／LigandFit和InsightⅡ／Affinity两种柔性对接方法，系统的研究了该类化合物与α-葡萄糖苷酶活性位点的相互作用，根据对接结果，比较了不同抑制剂与α-葡糖苷酶对接时结合模式的异同。根据底物与靶酶的作用模式，发现静电相互作用、疏水相互作用、氢键相互作用和范德华相互作用是α-葡萄糖苷酶与底物的基本作用力。这些研究结果为进一步研究α-葡萄糖苷酶的结构和功能关系提供了理论依据，同时在分子水平上为设计新型糖苷酶抑制药物奠定了基础。接下来，利用MFA分析方法对穿新莲内酯类化合物进行了三维定量构效关系分析，最终得到了一些重要信息。并且还考察了网格点步长对统计结果的影响。训练集的交叉验证系数q~2达到了0.761，模型的线性回归系数r~2达到了0.996，测试集中抑制剂分子的实验活性数据值与模型计算值的相关性较好。说明建立的模型具有良好的线性相关性和预测未知化合物的能力。最后，开展了Glycosyl hydrolase 13家族的蛋白多元序列联配研究，构建了该家族的进化树，并在此基础上通过踪迹分析技术识别得到了Glycosyl hydrolase 13家族的重要功能残基。在研究中发现，α-葡萄糖苷酶活性位点的重要功能残基，His111，Asp214，His348和Asp349均得到了成功识别。由于目前α-葡萄糖苷酶活性位点中重要的药物结合位点还没有得到合理的阐明，应用进化踪迹分析识别得到的α-葡萄糖苷酶活性位点的踪迹残基可为抑制剂设计和定点突变等生物实验提供重要信息。