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猪圆环病毒(Porcine circovirus，PCV)属于圆环病毒科，是一种小的，无囊膜的单链负股环状DNA病毒。分为无致病性的PCV1和有致病性的PCV2两个基因型。本研究克隆了4株PCV2的全基因组，并测定了其序列，通过系统进化分析表明各分离毒株在进化上存在地域上的相关性，在此基础上进一步构建了PCV2感染性分子克隆。
根据GenBank中发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因序列，设计一对特异性引物，用PCR的方法直接从在山东地区采集的血清学检测为阳性的病料中分别扩增出4株PCV2毒株的全基因组，进行了序列测定，分别命名为SD-3，SD-4，SD-5，SD-6，并将其与课题组以前分离的两株PCV2（SD-1、SD-2）共6株分离株进行了序列分析，结果表明:该6株毒株的全基因核苷酸序列除SD-2为1768bp外，其余均为1767bp。应用DNAStar软件分析表明，分离自山东不同地区的这6株PCV2病毒全序列核苷酸同源性较高，达98.5％～100％;与20株国内外参考序列的核苷酸同源性为95.1％～99.7％。该6株PCV2山东分离株之间ORF1、ORF2同源性分别为:97.6％～100％，99.1％～100％;推导氨基酸同源性为:99.1％～100％，97.0％～100％。说明目前山东省流行的PCV2核苷酸序列高度保守，推导氨基酸序列同源性也较高。进化树分析显示，SD-5与其他五株病毒遗传关系较远，分属两个不同的大分支，SD-5与澳大利亚的分离株AY754018共同组成了一个大分支;其他5株与美国、匈牙利等国分离株同属于一个大的分支，遗传关系较近。推测目前山东地区的流行的PCV2大部分可能来源于欧洲、北美洲等地区，也有小部分可能来源于澳大利亚等其他地区。
本研究将PCV2 SD1株(GeneBank accession number:DQ346683)全基因克隆至真核表达载体pSK的SacⅡ位点中，成功构建病毒的感染性分子克隆pSK-PCV2。采用脂质体介导法将重组质粒pSK-PCV2转染PK-15细胞，盲传6代，经间接免疫荧光初步鉴定，成功获得具有感染性的活病毒。