“三农”问题一直是我国经济社会发展过程中的一个主要难题,中央和地方各级政府部门对此相当重视。加快农业产业化经营,提高农业专业化分工水平,延伸和拓展农业产业链,是发展现代农业,促进农民增收、农业增效的重要途径。但长期以来,我国农民经营规模小、组织化程度低、农业产业链上的农户与农业企业的纵向分工协作关系极不稳定、农民收入和农业效益低下、农业产业竞争力弱等问题严重制约着我国农业的发展和“三农问题”的有效解决。在这种情况下,必须加强农业产业链纵向关系的治理,构建高效稳定的农业产业链纵向分工协作体系,实现大市场与小农户的真正对接,才能从根本上提升农业产业链的运作效率和农业产业的竞争力。农业分工的深化促进了农业产业链的产生和延伸,形成了农业产业链纵向分工协作关系。从农产品原料的投入、农产品的田间生产与管理,再到农产品的深加工和最终产品的市场供应,最终农产品的生产过程是一个复杂的社会系统工程。农业产业链纵向分工带了分工的经济性和专业化效率的提升,但另一方面,随着分工的深化,也引起纵向交易费用的增加。这要求农业产业链上下游环节的农户与农业企业之间建立有效的纵向分工和协作关系,以降低交易费用,提高交易效率,进一步促进分工的发展,以更好地实现农产品的价值创造和价值增值过程。那么,值得关注的是,农业产业链上游的农户与下游的农业企业将以何种最为有效的组织模式、契约规制等分工制度安排来加强农户与农业企业纵向关系的治理,从而提高双方的分工协作效率以及增强农业产业链纵向关系的稳定性?这是一个具有现实意义的问题。本文选择专业化分工为研究切入点,构建了一个能够容纳古典经济学劳动分工思想的关于农业产业链纵向关系及其治理的理论分析框架,综合运用制度经济学、产业经济学、博弈论、战略管理学、西方经济学等多种研究理论与研究方法,对农业产业链纵向关系的治理进行了深入分析。主要研究内容如下：首先,专业化分工与农业产业链及其组织的演进研究。在分析专业化分工带了的分工收益和交易费用的双重效应基础上,深入探讨了专业化分工促进产业组织和分工制度的演进的内在机制,农业分工促进农业产业链及其组织形成的过程。并指出农业产业链组织是为了协调农业产业链纵向关系而出现的,是协调农业产业链纵向分工的介于市场分工与企业之间的一种中间性组织形式或制度安排。其次,构建了一个农业产业链纵向分工制度安排的分析框架。沿着交易成本经济学的分析思路,在提出并分析市场分工、企业内分工以及中间性组织的内涵、分工属性的基础上,构建了一个分工制度安排选择的分析框架。并指出了三种分工制度安排的适用边界以及分工制度安排随着交易成本和产业链上下游市场结构等外部环境的改变而变迁或演进。再次,沿着第四章提出的农业产业链纵向分工制度安排的分析框架,第五章、第六章分别从农业产业链纵向关系治理的组织模式和契约规制两个方面进行了深入分析。第五章分别对“公司+农户”、“公司+中介组织+农户”和“农民合作社一体化”三种典型组织模式的内涵、制度特性以及农户与企业的博弈行为进行了深入分析,在此基础上,探讨了三种产业链组织模式的演进路径。第六章沿着“契约规制类型—契约风险、交易属性—契约规制选择”的研究思路,在提出并分析市场规制、双边规制(关系性契约)、三方规制和统一规制四种契约规制内涵的基础上,对契约风险及其影响因素,以及在不同交易属性下契约规制的适应性选择进行了深入分析,并结合案例对关系型契约规制中的典型形式——“超市场契约”,在农业产业链纵向关系的治理中的内涵、运行特点、机制进行了深入探讨。最后,提出了治理农业产业链纵向关系的制度安排。第七章以不完全契约及其自我履约障碍为切入点,提出了社会资本嵌入是除正式契约规制以外的治理农业产业链纵向关系的有益补充,对社会资本的内涵、类型以及社会资本嵌入的模式、嵌入治理机制等进行了分析,并揭示了长期契约与关系型专用性投资的良性互动机制,信任机制、声誉机制促进农业产业链纵向交易稳定化、长期化的内在机理。第八章以“合作剩余”与农业产业链纵向关系合作中的机会主义行为为切入点,对农业产业链纵向关系治理的激励机制与约束机制、治理结构、正式与非正式制度安排进行了深入分析。