随着我国预算管理制度改革的不断深化,财政支出监管的进一步加强,财政资金的使用效率已经成为我国政府重点关注的内容之一。在此背景下,对财政支出进行科学合理的绩效评价也是大势所趋。环保专项资金作为财政支出的一种,是我国政府打好环境污染防治攻坚战的财力保障,所以对环保专项资金进行绩效评价,不仅可以提高该项资金的使用效率,也可以促进环保项目的顺利实施。近年来,我国环保专项资金绩效评价工作已经取得了一些成效,但是仍然存在着制度建设不完善、指标体系缺乏针对性、未形成有效的调整机制、监督检查不到位等问题。本文在查阅文献和搜集资料基础上,对现有环保专项资金绩效评价的政策制度进行整理和分析,经过分析比较之后,发现当前资金的投入使用与项目管理已经比较规范,但是项目结果的评价,尤其是对社会效益和环境效益这些更能体现专项资金实际价值的指标,在评价过程中并没有被重点考虑。有鉴于此,本文在遵循“投入-管理-产出-效益”这一逻辑路线的基础上,将其构建为“资金投入与使用”、“项目管理”、“项目产出”和“项目效益”这四个一级指标,并由此分解为十个二级指标、十六个三级指标并运用层次分析法对该指标体系进行权重设计,给予“项目效益”指标更高的权重,以凸显项目的环境效益和社会效益。在设计了绩效评价方案之后,本文采用案例分析法,将设计的绩效评价方案运用到S市大气污染项目,得出绩效评价结论并针对绩效评价中存在的问题提出建议。加强了对环保资金绩计评价这一领域的研究工作,充实了相关理论研究,可以更好的指导环保资金绩效评价实践,提高环保专项资金绩效评价效率和使用效用。