全面实施预算绩效管理旨在要求政府(部门)、政策和项目开展三个层次的预算绩效管理,也是预算绩效管理改革的必然趋势。预算绩效管理的核心内容是预算绩效评价。其中,部门整体支出绩效评价是预算绩效评价管理的重要内容,部门整体支出绩效评价实际上是赋予了单个部门更多的财政支出管理的决策权,使部门的支出活动形成一种结果导向、权责对等的管理模式,达到提高部门财政支出绩效的目的。虽然,在我国,预算绩效评价的推行不过十年左右,但通过不断的探索实施和完善,已经形成了分行业、分领域的较为统一的绩效评级指标体系,同时绩效评价过程也不断规范,有力提升了财政预算支出的绩效水平。但是,具体到各部门预算绩效评价管理实践中,因为存在绩效管理意识不强、重投入轻管理、重支出轻绩效等因素影响,没有充分考虑本行业、本领域的支出特征以及本部门的实际情况,使得各部门的支出绩效评价大打折扣,以致影响部门整体支出绩效水平,影响了财政资金的使用效率。由此,在充分考虑行业、领域支出特征的基础上,结合部门的实际支出特点而进行部门整体支出绩效评价研究,对于完善本部门整体支出绩效评价的科学性、规范性、有效性有重要的意义,也可以充分提高本部门财政支出的绩效水平。本文的研究基于农业科研机构的部门整体支出绩效评价,农业科研机构作为依靠国家财政支出建立的非盈利机构,在当前国家已经建立全方位、全过程、全覆盖的预算绩效管理体系背景下,也形成了一套适用于农业科研机构的较为完整的整体支出绩效评价管理,但在实践中,依然存在欠缺考虑具体地区农业科研机构支出特点的弊病,由此影响整体支出绩效水平。基于此,为了科学、客观、公正的评价农业科研机构资金使用及科研活动的整体绩效,解决和完善当前农业科研机构预算绩效管理中存在的一些问题,本文选取Y省农业科学院(全文简称Y省农科院),在充分了解和实地调研Y省农科院职能基础上,系统分析当前的预算绩效管理现状,发现当前Y省农科院存在尚未建立整体支出绩效评价体系的情况,导致部门绩效自评结果不准确不科学,由此本文就如何完善Y省农科院整体支出绩效评价开展了进一步的研究。具体的研究内容为:首先,对Y省农科院的整体支出绩效评价管理现状和存在问题进行分析;其次,以现有整体支出绩效评价共性指标体系框架为基础,结合Y省农科院部门职责、工作目标以及农业科研活动特性,按照共性指标与个性指标有机结合的原则,补充完善体现农业科技创新的个性指标,构建适用于Y省农科院的部门整体支出绩效评价管理体系;第三,用优化构建的绩效评价管理体系,以2018年的Y省农科院相关数据、资料进行绩效评价,对Y省农科院2018年整体支出的投入、过程、产出、效果等方面进行全面评价;最后,针对绩效评价管理存在的问题进行系统梳理,并提出相应的改进意见。通过本文构建优化的农业科研机构整体支出绩效评价管理体系,并以Y省农科院的评价应用,系统的分析存在问题和提出改进意见研究,以期为其他省同类农业科研机构的部门预算绩效管理、绩效评价等实践提供有益的参考。