水电站的建设工程是一项复杂的系统工程。具有包括大型施工机械设备多、施工复杂、参与人员多、工程占地范围大、涉及爆破、高空作业等特点,在施工的过程中存在着各种不确定的因素,从而使得工程中可能埋藏着各种安全隐患,建设工程本身的特点就决定了安全管理的重要性和复杂性。随着市场经济和现代高科技的快速发展,水电建设规模、施工难度、机组容量不断增加,使水电站工程建设的安全管理面临着巨大的挑战。本文结合国内外安全管理方面的经验和发展趋势,以安全系统管理理论为基础,以加强安全管理体系与水电行业的结合性和适应性、更好地满足水电站建设发展和安全可靠运行为目标,探讨在水电站建设工程中构建安全管理体系。本文首先从人、机、环境、管理四方面确定水电站建设工程安全管理体系的设计原则以及设计要素,叙述了安全管理体系在水电站建设工程中的建立流程,并从安全管理机制和安全监督机制两大方面设计了安全管理体系的主要结构：其次,本文从危险性识别、事故风险评价、事故风险控制以及危险跟踪等方面论述了安全管理体系在水电站建设工程安全管理中的实施过程。最后结合瀑布沟水电站实际进行了实证分析,结果表明该体系的建立具有一定的实用价值和理论意义。