稻瘟病菌是世界上十大植物病原菌之首,由它引起的稻瘟病是水稻的主要病害,每年都会导致水稻的大面积减产和巨大的经济损失,持续威胁着全球粮食安全。过去几年里,研究者们致力于培育各种抗病水稻品种来防控稻瘟病,但是由于稻瘟病菌的基因组小,变异重组率高,导致抗瘟品种在推广后的几年里便失去原有的抗性,抗病无法持久化。稻瘟病菌中新的无毒基因的克隆,将增进我们对无毒基因突变规律及其与抗性基因之间互作的了解,这对于阐明水稻与稻瘟病菌互作机制以及实现抗瘟品种的持久化都具有重要意义。为克隆新的无毒基因,本研究参照前人的研究方法,通过基因组重测序和比较基因组学相结合的方法,对毒性差异较大的稻瘟菌株进行重测序。首先,我们通过FJ81278ZB15基因组与稻瘟病菌数据库70-15基因组的比对以及基因特异性验证实验,得到了 24个特异的分泌蛋白基因,对它们在19个田间菌株中的存在和缺失多态性与毒性接种结果进行关联分析,未得到相关联的基因,而功能互补实验也没有得到回复无毒性的转化子。紧接着,我们对另外一对毒性差异更大的稻瘟菌株FJ81278ZB15和GUY11进行重测序,同样通过基因组间的比对以及基因特异性验证得到了 18个特异的分泌蛋白基因。多态性与毒性关联分析结果表明,特异基因81278₁2029与无毒基因Avr-Pi1存在高度关联性,而81278₁2373则与无毒基因Avr-Pi4a存在高度关联性。功能互补实验也得到了 6个基因的转化子能使单基因系水稻产生抗病反应,但这6个基因与对应的无毒基因之间尚未发现关联性,因此,仍需对这6个基因进行进一步的验证。最后,我们还对13个台湾地区田间菌株和7个福建省田间菌株进行重测序,并分析了部分上述特异基因在20个菌株中的遗传多样性情况,结果表明,在闽台两地菌株中,大部分特异基因都承受着来自宿主的选择压力。