特异性U1snRNA和Morpholino对SCN1A基因剪接突变的修复机理探讨

来源 :广州医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tltim2009
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
【目的】选取热性惊厥相关性癫痫患者SCN1A基因突变,通过生物信息学软件分析其对剪切的影响,构建mini-gene,进行体外剪接分析;并探讨特异性U1snRNA及Morpholino修复异常剪接的机理。【对象和方法】选取本实验室筛查出的热性惊厥相关性癫痫患者SCN1A基因突变(c.473+5G>A,c.909A>G, c.3705+1G>T)为研究对象,用Human Splicing Finder2.4软件进行预测c.473+5G>A和c.909A>G突变体的异常剪接情况(其中c.3705+1G>T的异常剪接情况在本课题组既往研究已明确)。构建mini-gene(pTARGET-Exon2-3-4-5,pTARGET-Exon5-6-7-8)转染HEK293细胞,提取总RNA,进行RT-PCR,分析异常剪接的情况。根据上述三个突变位点设计与剪接供体位点完全互补或与其附近内含子区,外显子区多个靶位点互补的特异性U1snRNA表达载体;与野生型或突变型mini-gene(1:1)共转染HEK293细胞,提取总RNA,进行RT-PCR,分析正常与异常转录本比例,比较特异性U1snRNA修复异常剪接的效果。同时对突变c.909A>G设计与其新激活的剪接供体位点互补的Morpholino寡核苷酸,分析对异常剪接的修复效果,并与其U1snRNA靶向修复的效果对比。每组实验重复三次,获得均值,计量资料是由均数±标准差(X±S)表示,使用SPSS16.0软件包进行统计分析。两样本均数比较采用t检验。以P <0.05具有统计学意义。【结果】1. SCN1A基因突变体外剪切分析结果PEFS+患者c.473+5G>A突变体异常转录本较正常的缺少98bp碱基,即SCN1A基因的2号外显子5’端8bp碱基和全3号外显子的缺失。FS+患者c.909A>G突变体异常转录本较正常的缺少60bp碱基,即6号外显子5’端60bp碱基缺失。两种异常剪切结果与软件预测结果一致。2.特异性U1snRNA修复异常剪切的效果(1) c.473+5G>A的mini-gene突变体,表达正常转录本占总转录本(异常转录本和正常转录本的和)的比例为35.37%±3.29%。与特异性U1snRNA(E3Mu,E3+1, E3+9, E3+16)共转染后,正常转录本比例增加至59.88%±4.46%,54.94%±1.97%,100%,100%。它们与单纯突变体转染时正常转录本比例相比,均有统计学差异(p<0.05)。(2)c.909A>G的mini-gene突变体,表达正常转录本占总转录本比例为30.34%±2.71%。与特异性U1snRNA(E6+1, E6+9, E6+16, E6-9, E6-18)共转染后,正常转录本比例分别为92.85%±2.08%,100%,100%,27.47%±1.80%,29.83%±3.54%。与单纯突变体的正常转录本比例相比,E6+1, E6+9, E6+16有统计学差异(p<0.05);E6-9, E6-18无统计学差异(p>0.05)。(3)c.3705+1G>T的突变体mini-gene(产生两个异常转录本,即SCN1A基因的18号外显子5’端缺失49bp碱基或者18号内含子5’端保留20bp碱基),表达大片段异常转录本占总转录本的比例为37.53%±2.27%。与特异性U1snRNA(E18Mu, E18+1, E18+9, E18+16)共转染后,表达大片段异常转录本比例分别为55.49%±1.38%,64.66%±3.64%,46.39%±2.14%,80.29%±3.51%,与单纯突变体的相比,有统计学差异(p<0.05),但无正常转录本的表达。3. Morpholino寡核苷酸的修复异常剪切的效果c.909A>G的mini-gene突变体,表达正常转录本占总转录本比例为30.75%±2.25%,与Morpholino(终浓度分别为10uM,50uM)共转染后,正常转录本比例分别为41.64%±1.94%,64.54%±2.47%,27.24%±2.72%;与单纯突变体的相比,有统计学差异(p<0.05)。【结论】1.SCN1A基因c.437+5G>A和c.909A>G突变,可能通过影响剪切与疾病的发生相关。2.特异性U1snRNA对不同位置的突变修复效果不一样,其中剪接供体位点高度保守区+1位置的突变修复效果最差;结合于不同靶位点的特异性U1snRNA修复效果不同,结合于内含子区的修复效果较好。3.特异性U1snRNA和Morpholino对异常剪切都有修复作用,但U1snRNA的修复效果较好。
其他文献
【目的】  探讨超声造影与超微血管成像对甲状腺结节的定性诊断价值。  【方法】  选取2015年1月至2017年7月在广东医科大学附属医院甲乳外科行外科手术治疗的患者,所有
目的:  1、研究创伤弧菌溶细胞素膜成孔模序(rMpf)的成孔毒性和生物活性。  2、研究rMpf对Hela细胞的生物膜功能和结构的影响。  3、进一步完善创伤弧菌溶细胞素的结构
轮状病毒(RV)不仅引起婴幼儿腹泻还可以导致肠道外感染,这个问题已受到重视。但RV肠道外感染的发病机制、扩散范围和途径以及易感因素的研究在国内外仍属空白。本研究试图从临床
目的:本课题构建轮状病毒(Rotavirus,RV)非结构蛋白4(Nonstructural protein4,NSP4)及其第86~175 aa(86 to175 amino acid peptide of nonstructural protein4,NSP486-175)基因的
目的:  探讨支架取栓对大动脉闭塞引起的急性缺血性卒中(acute ischemic stroke,AIS)患者的疗效,对影响其疗效的因素进行统计分析;并探讨支架取栓治疗院内卒中(in-hospital str
鸡西矿业集团公司张辰煤矿西三采区3
期刊
目的 体外循环(CPB)术后凝血因子发生变化可引起两大并发症,一是术中、术后大出血,二是术后血栓形成或血栓栓塞。通过对CPB围术期凝血机制(凝血,纤溶及抗凝血)三大系统相关的
研究背景:  耳鸣(Tinnitus)是指在缺乏外部声刺激条件下耳内或颅内产生的嗡嗡、嘶嘶等不成形异常声幻觉。主观耳鸣(subjective tinnitus,ST)相比客观耳鸣更为常见,约占耳鸣患者总