MUCILAGINIBACTER PEDOCOLA SP.NOV.的多项分类学鉴定和基因组分析

来源 :华中农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:JK0803_liuchao
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
为开发具有重金属修复能力的微生物资源,本研究从湖南省临湘市忠坊镇锌污染水稻田中分离了一株具有锌抗性的细菌,命名为TBZ30T,我们发现该菌株对Zn2+中有较高抗性(MIC=3mM),并且能够去除Zn2+,降低Zn2+浓度,可能与该菌产生大量的胞外多糖来吸附Zn2+相关,该特点具有很大的潜在利用价值。通过16S rRNA比对分析,TBZ30T属于Mucilaginibacter属,且与该属细菌相似度最高为95.8%,基于16S rRNA的系统发育进化树分析,TBZ30T与Mucilaginibacter gynuensisYC7003T、Mucilaginibacter mallensis MP1X4T、Mucilaginibacter litoreus BR-18T三个菌亲缘关系最相近,相似度分别为95.8%、95.4%、95.4%。对该菌进行了进一步的多项分类学分析以及基因组分析,TBZ30T是一株革兰氏阴性杆状细菌,无鞭毛,无运动性,无孢子产生。该菌严格好氧生长,生长过程中产生粉红色色素,氧化酶和过氧化氢酶阳性,并且在生长后期能够产生大量的胞外多聚物。TBZ30T含有唯一呼吸醌为MK-7,其主要全细胞脂肪酸是iso-C15∶0和summed feature3,主要的极性脂类型为磷脂酰乙醇胺、未知的磷脂、未知的氨磷脂、未知的氨脂、未知的脂类、未知的糖脂。TBZ30T的G+C含量是49%mol。通过以上多项分类学鉴定,TBZ30T属于Mucilaginibacter的一个新种,该种命名为Mucilaginibacter pedocola sp.nov,其模式菌株是TBZ30T。  基因组草图测序以及基因组注释显示,其基因组大小为7,035,113 bp,含有3132个蛋白质编码基因(其中2736个基因在COG分析中预测了相应的功能),50个tRNA编码基因,14个rRNA编码基因以及54个重金属抗性相关的基因,其中与锌抗性相关的基因有21个,与胞外多糖相关的基因有11个,这些基因型特征与TBZ30T的表型特征相符合,通过分析TBZ30T的基因组,使得我们对Mucilaginibacter有了进一步的认识,这对Mucilaginibacter属的开发和利用具有深远的意义,同样为锌的微生物修复提供了新的思路。
其他文献
头细蛾与大戟科部分植物之间建立了专性传粉互利共生关系,该体系为研究物种间协同进化的动力以及维持互利共生体系稳定的机制提供了一个全新的理想的模式体系。本文主要从头细
MADS-box基因是一类广泛存在于植物中的同源异型基因,在生物体不同的组织以及生长发育的不同阶段都存在MADS-box基因的表达,它属于一个古老的基因家族,是植物生长发育过程中
组织工程学是一门将细胞生物学和材料学相结合的新兴学科。组织工程学通过将种子细胞种植于仿生支架材料上,并在体外培养增殖,在形成新的组织后植入受损部位,从而达到修复和
水稻产量的形成是源器官产生的同化物输送到库器官中固定下来的结果。籽粒发育的物质来源主要有两个:抽穗前水稻植株中储藏的非结构性碳水化合物(NSC)和抽穗后冠层叶片光合作用产生的同化物。为了深入了解NSC各组分在水稻体内的含量差异及它们对产量形成的影响,本研究利用533份核心种质对水稻糖分含量进行系统考察并对表型数据进行全基因组关联分析(GWAS)。此外,叶片叶绿素含量及剑叶长宽影响同化物合成,基于之