秧鸡科鸟类在全世界广泛分布于除极地、沙漠及雪线以上高海拔地区之外的广大区域,是陆栖脊椎动物分布最广的科之一,也是鹤形目中分布最广、种数最多的一科,但是其分类地位一直存有争论。由于其化石资料很少而且中间缺失严重,要想通过化石记录来完整的划分其系统发生关系很困难。因此,本文以线粒体细胞色素b基因作为分子标记,采用分子系统发育学方法对我国常见的秧鸡科(Rallidae)10种鸟类系统关系进行分析。经对位排列比对剪切后得到序列片段934bp,共有变异位点346个,其中简约信息位点319个,单一变异位点27个,无插入或缺失。其中密码子第三位点的替换数最多,第一位点次之,第二位点最少。转换/颠换比等于1.54,达到饱和状态。所有秧鸡的核苷酸组成中胸腺嘧啶、胞嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤四种碱基的平均含量分别为：T25.2%、C32.7%、A28.6%、G13.5%,其中胞嘧啶(C)的含量最高,鸟嘌呤(G)的含量最低,序列中的4种碱基组成显示出较高的偏倚性。以白鹤(Grus leucogeranus)和大鸨(Otis tarda)为外群,采用最大简约法、邻接法、最大似然法和贝叶斯法分别构建秧鸡科10种鸟类的系统发生树。研究结果表明：构建的系统树将所研究秧鸡科鸟类分为5个属,即白胸苦恶鸟(Amaurornis phoenicurus)和董鸡(Gallicrex cinerea)-一个属、白骨顶(Fulica atra)和黑水鸡(Gallinula chloropus)一个属、蓝胸秧鸡(Gallirallus striatus)和普通秧鸡(Rallus aquaticus)一个属、红脚苦恶鸟(Amaurornis akool)和小田鸡(Porzana pusilla)-一个属、红胸田鸡(Porzana fusca)和斑胁田鸡(Porzana paykullii)一个属。所有秧鸡分为4个主要支系,其中红脚苦恶鸟和小田鸡构成的属跟红胸田鸡和斑胁田鸡构成的属聚合形成一个支系；白胸苦恶鸟和董鸡构成的属形成一个支系；白骨顶和黑水鸡构成的属形成一个支系；蓝胸秧鸡和普通秧鸡构成的属单独形成一个支系。本文的研究结果基本上反映出10种秧鸡种属间的分类关系。根据秧鸡科鸟类种属间分歧时间以Cytb基因每百万年0.82%的碱基替换率计算,其姐妹种间分歧时间分别为：红脚苦恶鸟和小田鸡11.69百万年、红胸田鸡和斑胁田鸡10.38百万年、白胸苦恶鸟和董鸡11.36百万年、白骨顶和黑水鸡16.78百万年、蓝胸秧鸡和普通秧鸡12.14百万年。秧鸡科属间系统分歧时间：红脚苦恶鸟和小田鸡所在的属与田鸡属(红胸田鸡和斑胁田鸡)的亲缘关系最近,分歧时间最晚,大约在14.10百万年；红脚苦恶鸟和小田鸡所在的属与白胸苦恶鸟和董鸡所在的属发生分歧时间最早,大约在20.89百万年。除了红脚苦恶鸟和小田鸡构成的属跟红胸田鸡和斑胁田鸡构成的属有较近的亲缘关系外,其他属之间的亲缘关系都相对较远。秧鸡科鸟类作为我国重要的湿地指示鸟类,对其做更多深入的研究和保护工作对湿地生物多样性和生态多样性都具有重要意义。