我国的农民专业合作社是在充分尊重和保护农民的土地承包经营权的前提下,在高度分散的家庭承包经营的基础上建立起来的,它是我国农村经营制度的发展和创新,是推动我国农业向规模化、集约化方向发展的重要方式,并日益成为我国开拓中国特色农业现代化道路的重要组织载体。随着《农民专业合作社法》的颁布和实施,我国农民专业合作社发展迅速,成效显著,但在发展中也存在一些问题,这些问题制约了我国农民专业合作社的规范、健康发展,政府如何有针对性的给予农民专业合作社支持,引导其健康、持续发展,成为急需要解决的课题。本文在梳理国内外研究成果的基础上,对合作经济、合作经济组织、合作社、农民专业合作社的概念、特征、原则进行了探讨；在借鉴制度变迁理论、交易费用理论、公共物品理论的基础上,阐述了我国农民专业合作社产生的客观性、必然性,在提高农民市场竞争力等方面的重要作用,以及发展中存在的“搭便车”问题。在借鉴国外合作社发展经验的基础上,提出了加强合作社之间的联合、完善法律法规、构建合作社教育体系等建议。通过分析我国农民专业合作社发展的整体概况,以及对邹平县农民专业合作社的调研,认为我国农民专业合作社的发展面临的主要问题包括：合作社总体数量及规模还较小、市场竞争力不足、合作社发展缺乏人才、资金、合作社内部管理尚未规范、有关合作社的法律法规不健全以及政府推动行为存在的偏差。最后,针对合作社发展中存在的主要问题,从政府支持和合作社自身建设两个方面提出对策建议。政府应明确职能,加强合作思想的宣传,加大人才、资金投入,优化外部环境等方面给予扶持；合作社应完善内部管理,拓宽服务领域,发展特色品牌,探索融资渠道等方面加强自身建设。