论文部分内容阅读
目的：当前有限的研究表明,乳腺癌组织在新辅助化疗前后基因表达谱发生改变；而肿瘤在化疗前后基因组是否存在差异有待进一步探讨。本实验计划通过外显子组测序和生物信息学分析比较新辅助化疗前后乳腺癌组织外显子组的差异,并功能性论证基因组改变与乳腺癌化疗(如紫杉类)耐药性之间的关联。方法：我们通过外显子测序技术(100×深度)比较2对典型的基底细胞样乳腺癌在新辅助化疗PC(紫杉醇+卡铂)前后的癌组织基因组的差异,并用PCR+常规测序的方法在独立的新辅助化疗前后的乳腺癌组织中验证了获得的差异位点,筛选到化疗后肿瘤组织中富集的TEKT4基因的2个变异,以及化疗后肿瘤组织中丢失的TP53和PIK3CA体细胞突变。后续我们以‘’TEKT-微管-含紫杉化疗”为线索,在临床标本、细胞及蛋白等多个层面上,系统、深入地研究TEKT变异与乳腺癌适应性化疗抵抗的关系。并分析了化疗后TP53和PIK3CA突变丢失与化疗疗效以及患者预后的关联。结果：较之化疗前癌组织,用于外显子组测序的2例乳腺癌化疗后的癌组织富集了TEKT4基因的2个错义突变c.A541G和c.A547G。GEKT4编码tektin4,后者参与真核细胞中微管细胞骨架的组织,对于稳定微管结构起到重要的作用。在接受新辅助化疗的4种分子分型的乳腺癌中,化疗前即存在两种变异的有13.1%(这部分肿瘤化疗后变异仍存在)；化疗前无变异的乳腺癌,有11.9%的肿瘤化疗后富集了这两种变异。稳定表达变异型TEKT4的乳腺癌细胞系MDA-MB-468和MDA-MB-231较之野生型组和空载体组细胞在体内和体外均表现出紫杉醇耐药。这种耐药性是通过TEKT4变异引起微管稳定性减小进而抵抗紫杉醇的稳定微管作用而产生的。最后,在84例接受含紫杉新辅助化疗和203例接受含紫杉辅助化疗的患者标本中,我们证实了TEKT4变异与较低的化疗缓解率以及较差的预后相关。此外,较之化疗前乳腺癌组织,用于外显子组测序的2例乳腺癌化疗后的癌组织丢失了TP53(c.C298T)和PIK3C4(c.A3140G)的错义突变。在独立的新辅助化疗队列中,化疗前有24.8%的肿瘤存在TP53或PIK3CA突变,化疗后这一比例降低至12.1%,即有约10%的肿瘤丢失了TP53或PIK3CA突变。较之其他肿瘤,这部分丢失突变的肿瘤的Miller-Payne评分更高,即在化疗后肿瘤退缩更显著。进一步,我们分析了突变丢失与患者预后之间的关系,发现无论在训练集还是验证集中,TP53或PIK3CA突变均预示着较好的预后(无病生存与总生存)。结论：我们的研究揭示了肿瘤基因组在化疗前后可能发生改变这一概念。另外,TEKT4变异可以作为预测紫杉类化疗药物疗效的标志物,这为乳腺癌耐紫杉类化疗机制的阐明提供了线索,有望为临床上筛选适合紫杉类化疗的乳腺癌患者和采取个体化治疗打下基础。化疗后TP53和PIK3CA突变丢失可以作为独立的预后因素,有望指导新辅助化疗患者后续系统治疗并最终改善患者的预后。