免税重组,在我国企业重组中也被称为特殊性税务处理,由于其暂不确认处置资产或股权所产生的损益而实行递延纳税,可以减轻免税重组交易方的税收负担,更有助于优化资源配置,促进经济快速发展,因此日益受到国家的重视。自2009年开始,国家陆续出台包括特殊性税务处理等在内的税收优惠政策并逐渐形成一套较为完整的税收规则体系以鼓励免税重组的进行。尽管如此,在现实中却还是出现了一些免税重组因自然人股东的税负过重而失败的情况,其主要原因在于自然人股东无法同法人股东一样适用特殊性税务处理而享受递延纳税。许多学者通过与法人股东适用的递延纳税待遇进行对比的比较分析方法,论证免税重组中自然人股东的个人所得税的合理性。而本文选取了一个全新的视角,从免税重组中自然人股东的个人所得税适用的以成本作为计税基础的具体税收规则出发,深入分析利用这一规则计算个人所得税应纳税额时在股权转让收入、股权原值确认等方面存在的问题,以至于最终背离税收公平和税收效率原则。而美国及英国适用的计税基础与我国不同,其更注重利得是否实现,并以此作为计税基础变动的标准。根据这一测算方法,免税重组中自然人股东和法人股东适用同等的免税待遇,无须特地对两者做出区分。本文在借鉴美国和英国计税基础经验成果的基础上,提出我国免税重组中自然人股东的个人所得税税收待遇应与法人股东协同,并从提高征管水平、明确合伙企业等税收待遇、保持整体税制的协调等方面给予优化建议,确保免税重组中自然人股东与法人股东协同适用递延纳税待遇的方案切实可行,以此鼓励免税重组的进行,充分提高市场资源配置的效率。