随着知识经济时代的来临，专利权越来越受到世界各国企业的重视，专利权已然成为企业市场竞争的核心能力。我国企业要想打赢这场专利战，就需要加强自主技术创新，运用自主创新技术专利权来赢得市场。企业自主创新技术专利权的保护在其各个阶段都应当得到企业的重视，在企业自主创新技术专利研发阶段，就应充分做好的专利文献检索和专利效益调研，避免企业不必要的成本浪费和重复开发。在企业自主创新技术专利申请阶段，企业需要根据自主创新技术专利的特点，选择申请的专利类型，并且要把握申请专利的最佳时机以及申请最适合的地域范围。企业自主创新技术专利的最终目标是运营专利获取利润，不过在企业通过专利权实施、专利权转让、专利权许可、专利权出资等方式将自主创新技术运营过程中存在一定的法律风险，这就需要严格签订合同条款用法律制度的保护来避免这些风险的发生。企业自主创新技术专利权一旦遭遇专利侵权，企业可以通过专利侵权行政或司法两种救济途径来保护自主创新技术专利权。虽然我国专利制度自建立以来的进步世界有目共睹，但是，在竞争激烈的世界技术市场中，我国企业在自主创新技术专利权保护方面仍存在不足，针对这些不足我国企业需要通过提高专利权保护的意识，提高自主创新的技术含量，制定系统的专利管理战略等方式完善企业自主创新技术专利权的保护。