从我国目前的金融体系来看,虽然多层次资本市场的雏形已经形成,但长期以来仍是以商业银行贷款占据主导地位的间接融资体系,对中小企业的支持力度较小。反观新三板场外市场,挂牌企业数量激增,融资功能日益强大。其分层制度在内部交易制度、投资者参与门槛方面还有很大的完善空间,具有研究的重要性和必要性。着眼于此,本文选取了2016-2018年间36个月度区间的创新层-创业板股票对数据作为样本,从硬分割因素、软分割因素、股票特征因素三个层面入手,通过匹配的方法筛选出创新层和创业板股票对(简称“创新层-创业板”),采用2016至2018年的月度数据,分析新三板创新层与创业板公司价差的具体影响因素,研究结论如下:在基础模型层面,研究结果显示:1)市场情绪、相对供给量对股票价格比具有显著的负向影响。随着市场换手率、相对供给量的增大,创新层-创业板股票价格比的取值越小,创新层-创业板价差增大;2)每股相对收益、相对换手率对股票价格比具有显著的正向影响。随着每股相对收益、相对换手率的增大,创新层与创业板的价格比越大,创新层-创业板的价差减小。在交互模型层面,研究结果显示:1)当创新层企业面临更高的融资约束时,货币供应量对创新层企业的影响更强,从而弱化了货币供应量和创新层-创业板股票价格比的负向关系;2)IPO政策的松紧会对股票流动性产生作用,进而影响股票价格比的高低;3)当创新层与创业板的交易机制不断趋同,相对换手率对股票价格比的正向影响明显弱化,说明创新层-创业板交易机制的不同会影响股票交易的流动性,进而影响股票价格比的高低。根据理论分析和实证分析的结果,本文主要从交易规则、交易制度、信息披露、转板机制四个方面提出建议:1)扩大机构投资者队伍,提高创新层流动性;2)强化做市商制度,丰富转让方式;3)规范企业管理,增加信息透明度;4)允许上市公司退市,转板至新三板市场。更好地发挥创新层乃至新三板场外市场对于监管层、挂牌企业、投资者的作用。