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牦牛低海拔舍饲是缓解藏区草畜矛盾的重要手段,同时也可有效解决牦牛在冷季生长发育迟缓的难题,促进肌内脂肪沉积,提高牦牛肉品质。本研究选用10头36月龄体重、体况相近的健康公牦牛,随机分为舍饲组(GH,于广汉农区,海拔600 m进行全舍饲)与放牧组(HY,于红原县牦牛科技园区,海拔3,500 m,按传统模式天然放牧),试验期150 d。旨在探讨低海拔区域开展牦牛舍饲对牦牛肌肉品质、生长发育、屠宰性能和血清指标的影响,以及筛选鉴定不同饲养条件下牦牛背最长肌组织差异表达基因和lncRNA,进行功能注释;筛选与脂肪沉积相关的关键mRNA和lncRNA,构建lncRNA-mRNA调控网络。主要研究结果如下:1.舍饲牦牛增重效果和屠宰性能指标(胴体重、净肉重、屠宰率、净肉率)极显著高于放牧组(P<0.01),背最长肌食用品质和营养品质显著改善:亮度(L~*)、熟肉率和肌内脂肪(IMF)含量均显著高于放牧组(P<0.05),而剪切力显著低于放牧组(P<0.05);粗脂肪(EE)、棕榈酸(C16:0)、硬脂酸(C18:0)含量均极显著高于放牧组(P<0.01),鲜味氨基酸(FAA)和饱和脂肪酸(SFA)、多不饱和脂肪酸(PUFA)和反式脂肪酸(TFA)含量均显著高于放牧组(P<0.05)。2.舍饲组血清中血糖(GLU)和脂肪酸合成酶(FAS)活性显著高于放牧组(P<0.05),甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)含量和乙酰辅酶A羧化酶(ACC)活性极显著高于放牧组(P<0.01),β-羟基丁酸(BHBA)含量极显著低于放牧组(P<0.01),激素敏感性脂肪酶(HSL)活性显著低于放牧组(P<0.05)。3.6个文库分别获得112.79～133.39 Mb Raw reads;过滤后获得高质量数据(clean reads)均超过99%。在clean reads中,定位到牦牛参考基因组上均在83%左右,Reads分类注释及可变剪切分析显示,仅0.2～0.4%比对到lncRNA,reads主要以外显子跳跃的方式进行剪切。4.舍饲与放牧牦牛背最长肌中获得显著性差异表达mRNA 233个(133个上调,100个下调)。差异mRNA GO富集分析发现,蛋白连接、甘油脂、甘油三酸酯和中性脂质等生物过程与肌肉发育、脂质代谢相关的途径极显著富集;KEGG信号通路分析表明,差异mRNA显著富集到紧密连接、肌动蛋白合成、甘油脂代谢、MAPK信号通路和甘油磷脂代谢等与肌肉发育、脂肪代谢相关的通路。其中差异基因MAPKAP1、ACTC1、MYH7、GPAM、MAP2K3、MAPKAP1、AGK在这些通路显著富集。5.舍饲与放牧牦牛背最长肌中获得显著性差异表达lncRNA 69个(35个上调,34个下调)、TUCP 105个(51个上调,54个下调)。lncRNA Cis作用预测分析显示,牦牛中有11,252个lncRNA靶向11,469个靶基因,4,602个TUCP靶向8,364个靶基因。lncRNA Trans作用预测分析发现12,187个lncRNA靶向15,083个靶基因,5,011个TUCP靶向11,470个靶基因。对差异表达lncRNA、TUCP Cis和Trans作用靶基因进行GO和KEGG富集分析发现,lncRNA(XLOC＿107261、XLOC＿007308、XLOC＿049235、XLOC＿076785、XLOC＿018419、XLOC＿122806、XLOC＿071250、XLOC＿115783)及靶基因(FGF1、GADD45A、MAPK8、MAPKAP1、LEP、LEPR、CAMKK2、STAT3等)显著丰富了MAPK通路和脂肪细胞因子通路,可能参与肌纤维发育、脂肪的消化吸收以及脂肪细胞分化等生物学过程。6.通过构建lncRNA trans作用靶基因与差异表达lncRNA的共表达网络,筛选到27个与肌内脂肪沉积相关的关键lncRNA(如XLOC＿059072、XLOC＿145823、XLOC＿122806、XLOC＿076785等)及其对应的52个靶基因(如LEP、PLIN2、ADIPOR1、ELOVL7、SCD、TRIB3等),这些差异基因和lncRNA主要参与脂肪沉积相关的生物学过程和途径。综上所述,本研究为探索舍饲对牦牛肉品质的影响提供了基础数据,丰富了牦牛肌肉发育和肌内脂肪沉积调控相关转录组和lncRNA数据信息,为进一步研究牦牛肌肉发育和肌内脂肪沉积等提供理论基础。