公海保护区是指任何通过法律程序或其他有效方式建立的,对影响和利用海洋环境和生态的人类活动进行管理和安排,以保护和恢复生态系统过程和生境的自然丰富度和恢复力,防止生物多样性及相关的历史文化特征丧失,使人类能够长期保护、恢复、合理利用、理解和享受世界海洋遗产和财产为主要目标,需较长期限显现其效果的,完全位于公海的特定海洋区域。人类的公海活动日益增多,若不对公海的海洋生物和海洋环境进行及时有效的保护,必然会使海洋环境遭到进一步破坏,并危及海洋生物的生命存续。虽然目前已经有特别敏感海域、深海脆弱区等制度,但前者防止海洋油污、有毒液体、船舶垃圾、船舶气体对敏感区域造成损害,主要是限制国际航运活动,后者主要是对深海海底捕鱼活动的限制。这些目前已经存在的制度对海域的保护都是单一或不全面的,而公海保护区则是对海洋生物和海洋环境全方位的保护,设立公海保护区是未来大势所趋。但公海保护区还存在着一系列法律问题,例如,国际公约、习惯国际法和国际组织决议中是否存在法律规范支持公海保护区的设立,并为公海保护区有效实施提供法律保障?公海自由的界限在哪里,公海保护区是否突破了公海自由理论?公海保护区的管理机构或授权的检查员能否取代船旗国对保护区内的渔船进行登临检查?国际海底区域资源开发活动是否需要遵守公海保护区的养护管理措施?这些法律问题的存在,是公海保护区发展相对缓慢的原因。本文认为,现有国际法在一定程度上为公海保护区提供了法律保障,但不充分;公海保护区的设立需要遵循公海自由,现有的公海保护区管理措施可能并未突破公海自由理论;公海保护区制度应遵守船旗国管辖原则;国际海底区域资源开发活动应合理顾及公海保护区的养护管理措施,管理机构之间应充分沟通协商。目前,关于国家管辖范围以外区域海洋生物多样性的养护和可持续利用问题的政府间谈判进展顺利,《联合国海洋法公约》第三执行协定的生效指日可待,中国积极参与了此协定谈判的全过程,并对每一个问题都发表了看法。在由西方国家主导的公海保护区问题的博弈中,中国必须牢牢抓住这次机会,占据发展公海保护区的优先地位,化被动为主动,坚持公海自由原则和国际合作原则,为公海保护区的发展提出中国建议,将中国的期待至少转化为“软法性”国际法律规范。