发酵床养猪技术是一种新兴的环保养猪技术，它利用全新的自然农业理念，结合现代发酵处理技术将从自然环境中筛选出来的益生菌按照一定的比例与谷壳、锯末和一些活性剂混合发酵制作成有机垫料层，之后铺设到猪场水泥地板上，猪排泄的粪尿通过垫料中的益生菌进行充分的分解转化成有机物质，从而达到零排放、无污染、资源循环利用的环保养殖目的。目前国内对养猪发酵床的研究还处于初级阶段，对于发酵床为什么能够有效地控制常见猪病害的发生，还没有明确的定论。本论文正是针对此问题，利用分子生物学手段研究了生物发酵床中的微生物群落结构和益生菌与主要致病菌的数量变化趋势，以及益生菌与致病菌之间的抑制竞争关系，初步探明了发酵床中益生菌对主要病原细菌的控制机理。通过利用变性梯度凝胶电泳的手段分析了不同时期和不同地区的发酵床垫料，发现主要存在的益生菌是枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）、短短芽孢杆菌（Brevibacillus brevis）、丁酸梭菌（Clostridium butyricum），其中分布最广泛的是枯草芽孢杆菌。垫料中主要的致病菌包括有大肠杆菌（Escherichia coli）、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）、沙门氏菌（Salmonella enterica）、短稳杆菌（Empedobacter）和不动杆菌（Acinetobacter），其中普遍存在的是大肠杆菌和金黄色葡萄球菌。不同时期采集的猪垫料中枯草芽孢杆菌、大肠杆菌和金黄色葡萄球菌荧光定量PCR分析结果表明枯草芽孢杆菌的数量基本上维持在105cfu/g到107cfu/g的数量级；大肠杆菌的数量在103cfu/g到105cfu/g的数量级；金黄色葡萄球菌的数量级范围从102cfu/g到104cfu/g，而益生菌枯草芽孢杆菌的数量要比其他两种致病菌高出10-100倍，益生菌抑菌特性的研究结果进一步显示，枯草芽孢杆菌的原始发酵液以及经过pH5-9和80℃的高温处理的发酵液都能够有效的抑制猪场常见的肺炎克雷伯斯氏菌（Klebsiella pneumoniae）、琼氏不动杆菌（Acinetobacter junii）、睾丸酮丛毛单胞菌（Comamonas testosteroni）、乙酸钙不动杆菌（Acinetobacter calcoaceticus）、伯克霍尔德氏菌（Burkholderiales bacterium）、金黄色葡萄球菌、鸡葡萄球菌（Staphylococcus gallinarum）、沙门氏菌、大肠杆菌、粘质沙雷氏菌（Serratia marcescens）等致病菌。本论文的研究从某种程度上揭示了益生菌能够将致病菌控制在寄主不发病范围内的作用机理。