自1999年扩招政策实施以来，我国高校的经营自主权显著增强，经济活动日趋多元化，筹资渠道也更加广泛和复杂。与之同时，高校的财务风险问题也日益凸显，新的政策环境对高校的内部管理提出了严峻挑战。内部控制在企业财务风险管理方面的成功运用使得内部控制理论与高校财务风险的管理有着内在结合的可能性，因此，如何建立一套合理的制度来防范财务风险已成为摆在高校管理者面前的首要问题。　　本文基于内部控制理论，分别从管理层面、执行层面和反馈监督层面对我国普通高校财务风险管理问题进行理论分析。并从偿债能力、运营能力和成长潜力三个角度设计12个指标构建高校财务风险预警指标体系。在此基础上，以北京市某高校为例，采用主成分分析法对其2007-2012年财务风险高低进行试算，并结合试算结果对其财务风险管理中存在的不足进行了剖析，进而提出提升财务风险管理能力的对策建议。