随着经济的迅速发展，煤炭资源作为人类生活、生产中重要的物质资料，扮演着越来越重要的角色，据统计，煤炭占消费能源总比重已高达70%，充分体现了煤炭资源作为我国战略储备能源的重要地位。新疆是我国煤炭资源储量最高的省份，每年为全国各工业行业提供充足的煤炭资源，尤其是在进入“十二五”时期以后，国内众多知名煤炭企业纷纷入驻新疆，向煤炭资源开发投入了大量资金，推动了新疆的煤炭资源开发和经济发展。但是，煤炭资源开发是一把“双刃剑”，在煤炭开采量不断增加、地区的经济利益得到提高的同时，煤炭开采对矿区生态环境造成的破坏及影响也日渐凸显。新疆煤炭资源开采对生态环境的影响主要体现在对土地、大气、水资源的污染及当地生态系统的损害，每年造成的直接经济损失都高达数亿元，自治区每年也在治理修复环境方面投入了大量资金。我国现行煤炭税费制度主要包括税、资产性收益和其他税费，文中详细介绍了新疆煤炭税费制度的实施情况。据有关调研统计，煤炭企业的税费种类有近百种。本文通过对新疆某企业的税费总负担、增值税税负、资源税和资源补偿费负担进行了分析，并综合了全国采矿业增值税税负的分析，得出了煤炭企业增值税税负过高以及煤炭企业整体税负偏高的结论，并分析了造成这种现状的原因。本文介绍了国外几个主要煤炭资源大国的煤炭资源税费制度，并提出了国外值得我国及新疆借鉴的方面。生态环境问题日益加剧，生态补偿迫在眉睫。只有有了充足的生态补偿资金，政府才能大力度的对遭受破坏的矿区生态环境进行修复和治理。为了实现煤炭资源的生态补偿，本文建议对税费制度进行改革，以资源税改革为核心，对其他税费进行调整并加以完善，再配合相关的法律法规政策的执行，真正实现生态补偿。