合理有效的高等教育投资体制是高等院校能否获取充足经费的关键所在，也是整个高等教育事业高效运行和健康发展的根本保证。针对我国高等教育经费供需缺口巨大、短缺与浪费并存的现实，笔者通过运用文献法、定性分析法和定量分析法等研究方法，在前人对高等教育投资体制的已有研究成果基础上，更深入的分析了我国高等教育投资中存在的体制性缺陷以及缺陷背后存在的深刻根源，并对解决体制缺陷的根本对策进行了探讨。高等教育投资体制是指在发展高等教育事业中，政府、社会、个人及家庭与高等教育机构之间所形成的在财政分配上的责权关系及其组织运行方式，包括了投资主体构成及投资运行机制两大部分。公共产品理论、人力资本理论和成本分担理论为高等教育投资由政府、社会和学生个人及家庭共同承担提供了理论上的合理性，也为多元化的高等教育投资体制的实施奠定了理论基础。高等教育通过政府的财政拨款机制、学生的缴费制度以及社会投资办学、捐赠和产学合作三种途径分别从政府、学生个人及家庭和社会等渠道筹措发展所需的各种经费，获得自身的发展。以国家财政拨款为主，其他多种渠道筹措经费为辅的高等教育投资体制在我国虽然已经以法律的形式确定下来，但实际上渠道畅通、机制健全以及投资主体、客体责权利明确的完整意义上的多元化高等教育投资体制在我国还未形成。目前还存在着诸如财政性教育经费总量短缺、财政拨款机制落后；学费水平超出了多数居民的经济支付能力、学生资助体系不完善；民办高校经费来源渠道单一、社会捐赠尚未形成规模、缺乏规范化、制度化的捐赠机制以及高等院校内部资源配置不合理、利用效率偏低等众多的缺陷。体制缺陷的背后必然有着深刻的根源。由于我国整个社会仍然处于转型的过渡时期，过渡状态所带来的消极性从不同的角度影响着高等教育投资领域，直接形成了高等教育投资中的体制缺陷。“政府失灵”现象存在、法律建设滞后、市场参与力度不足、高等教育运行机制不规范等造成高等教育投资的体制缺陷的原因都是与我国处于社会转型时期的特点紧密相关的。为了给高等教育提供充足的经费，应针对高等教育投资中存在的体制缺陷，采取多方面的措施完善现有的高等教育投资体制：在增加财政拨款的基础上，建立健全多渠道筹措高等教育经费的投入机制；并实施多政策参数的财政拨款机制，加强政府的宏观调控者职责，强化政府的制度供给者、监督者及信息服务者的角色定位；建立高等院校的成本核算制度，遵循差别性原则制定学费收取标准，并辅之以健全的助学贷款为主的高等教育资助体系；同时，为了提高高等院校对教育经费的使用效率，还应扩大高校办学自主权，加大市场调控的力度。