原花青素抑制IL-1β诱导的软骨细胞凋亡的mRNA差异表达及初步分析

来源 :大连医科大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:mgq
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目的:使用高通量测序技术筛选OPC(Oligomeric Proanthocyanidins,原花青素)抑制的IL-1?(interleukin-1beta,白细胞介素-1beta)诱导的凋亡软骨细胞的差异表达m RNA并利用生物信息学手段进行分析,探究原花青素抑制软骨凋亡发展过程中可能的关键调控通路,从而揭示原花青素在保护软骨细胞方面的作用通路。方法:1.对GSE104793数据集中包含的6个样本,分别为3个未经处理的原代小鼠关节软骨细胞和3个加入IL-1β的关节软骨细胞,对2组数据进行基因差异表达分析和KEGG富集分析。2.提取原代小鼠关节细胞并进行鉴定。3.对照组加入IL-1β,实验组加入IL-1β和OPC处置24h,提取m RNA并对实验组以及对照组进行m RNA高通量测序。4.筛选实验组与对照组之间的差异表达基因,对差异表达的m RNA进行GO富集分析、KEGG信号通路富集分析,筛选关键的差异表达的m RNA及调控通路。5.与GSE104793差异表达基因进行比对,筛选在GSE104793中表达水平降低且在测序数据中表达水平增高的基因,或GSE104793中表达水平增高且在测序数据中表达水平降低基因;并进行GO富集分析。结果:1.GSE104793数据的m RNA表达量分析共筛选到843个差异m RNA,其中实验组对比对照组有497个m RNA表达上调,346个m RNA表达下调。引用数据的KEGG信号通路富集分析发现差异表达m RNA主要集中在癌症的途径、细胞因子与细胞因子受体的相互作用、细胞周期、细胞粘附分子、细胞外基质-受体相互作用、Toll样受体信号通路、恰加斯病(美国锥虫病)、小细胞肺癌、孕酮介导的卵母细胞成熟、p53信号通路、类风湿关节炎、黑色素瘤、膀胱癌、移植物抗宿主病、DNA复制等15个信号通路上。2.小鼠关节软骨细胞免疫荧光鉴定见细胞纯度大于90%。3.实验组与对照组进行高通量测序共筛选到662个差异m RNA,其中实验组组相比于对照组有256个m RNA表达上调,406个m RNA表达下调。所有序列的碱基错度率质量得分都在30分以上,碱基正确识别率在99.9%以上,碱基含量均匀,Reads整体质量好。4.GO_BP信号通路富集分析发现生物学过程主要集中在白细胞迁移,ERK1和ERK2通路的调控、ERK1和ERK2通路、病毒反应、对外部刺激的正反馈调节、病毒过程、病毒防御过程、细胞因子的负反馈调节、骨髓白细胞迁移、单核细胞迁移等10个信号通路上。GO_CC信号通路富集分析细胞组件作用主要参与在细胞外基质、膜阀、膜微区、膜区、胶原蛋白细胞外基质、高尔基池、内质网出口位点、MHCI类蛋白质复合物、MHC蛋白复合体等。筛选关键表达通路为Toll样受体信号通路及NF-κB信号通路。KEGG信号通路富集分析发现差异表达m RNA主要集中在单纯疱疹病毒1感染、细胞因子-细胞因子受体相互作用、EB病毒感染、黏着斑、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用、NF-KB信号通路、类风湿关节炎、病毒性心肌炎、同种异体移植排斥、移植物抗宿主病、Toll样受体信号通路等信号通路上。5.与GSE104793比对并筛选的基因为:Fjx1、Igfbp5、Chac1、Gfod1、Itga2、Acan、Chchd10、Nes、Cspg4、Grpr、Ntrk3、Angpt1、Chl1、Igf1、Il18rap、Eda2r、Lrch2、Pappa、Slitrk6、Adamts5、Fap、Gda、Prss23、Cfh、Ibsp、Kitl、Rspo2、Trp53inp1、Arrdc3、Vgll3、Il1r1、Gpm6b、Stc1、Klhl24、Rnd3、Gas1、Fst、Steap4。进行GO_BP信号通路富集分析发现生物学过程主要集中在骨化、阿米巴型细胞迁移、上皮细胞迁移、上皮迁移、组织迁移、结缔组织发育、骨矿化、生物矿物组织发育、趋化性、T细胞辅助1细胞的细胞因子产生等。进行GO_CC信号通路富集分析细胞组件作用主要参与在胶原蛋白细胞外基质、胰岛素样生长因子三元复合物、胰岛素样生长因子结合蛋白复合物、生长因子复合物等信号通路上。结论:原花青素可能通过Toll样受体/NF-κB信号通路介导多个靶向基因,抑制IL-1β诱导的软骨细胞凋亡。
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