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鸦片战争标志着中国近代史的开端.传染病在这场战争中扮演了重要的角色,对战争进程产生了深远影响.中国江南地区的疟疾使英军不得不放弃舟山岛,改占香港.从印度开来的欧洲兵和印度土著士兵把当地的霍乱病菌带入中国,霍乱首先在英国军队中暴发.英军中大量印度土著士兵和英国本土士兵的联合作战,使得霍乱在军中肆虐,英军难以发动对南京的有效进攻.与此同时,战区的中国居民也被感染,成为霍乱第三次世界大流行在中国的肇端.中国本土病原微生物和印度霍乱菌使英军在战争中遭到重创,如同一只看不见的手,不自觉地影响了战争的整个进程.从某种程度上,也可以说中国本土的病原微生物和霍乱菌有效阻止了英国对中国的全面征服,最终只能以条约方式实现对中国的贸易掠夺,中国免于沦为英国殖民地的命运.