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鳄类的性别决定方式为温度性别决定(temperature-dependent sex determination,TSD),目前其性别决定的分子机制还不清楚。本文以扬子鳄(Alligator sinensis)为研究对象,对扬子鳄雌性决定温度(female producing temperature,FPT)和雄性决定温度(male producing temperature,MPT)6个胚胎发育时期的性腺-肾上腺-中肾复合体(gonad-adrenal-mesonephros,GAM)(文中简称性腺)进行组化分析和转录组测序,分析其发育的形态变化过程和表达谱,研究其温度性别决定的分子机制,确定扬子鳄性别决定的时间,筛选与扬子鳄性别决定与分化的相关基因。FPT和MPT 6个发育时期性腺的形态变化过程表明,扬子鳄在29℃中主要产生雌性,34℃中主要产生雄性,且雌性性腺的形态变化在31到41天之间最显著,雄性性腺的形态变化在31到36天之间最显著。RNA-seq共产生1,150,314,298条clean reads,FPT和MPT相邻发育期间性腺的差异表达基因分别为178和1268个,同一发育阶段FPT和MPT间性腺的差异表达基因为1785个。FPT和MPT 6个发育时期性腺的表达谱分析表明,36天和41天雌雄之间差异最大,且出现了与性别决定和分化相关的基因。通过分析扬子鳄胚胎FPT和MPT 6个发育时期性腺的形态变化过程和表达谱,推测雌性扬子鳄的性别决定时间在31到41天之间,雄性扬子鳄的性别决定时间在31到36天之间,以及扬子鳄的TSP可能在胚胎孵育的31天到41天之间。本次实验还筛选出了可能与性别决定和分化相关的基因,除了在脊椎动物中广泛研究的SOX9、NR5A1(SF-1)、AMH等基因外,还筛选出了RNF17、FOXI1、JARID2、KDM6B、DDX17、SAFB1等基因,还有多个与类固醇激素合成相关的酶以及多个HSP的家族成员。筛选出与性别决定和分化相关的代谢通路:类固醇激素生物合成(Steroid hormone biosynthesis)。为以后研究扬子鳄TSD的分子机制提供基础。