本研究的目的是探索菌群移植对肉鸡生长性能和回肠、盲肠微生物组的影响,并探讨肉鸡菌群移植替代抗生素的可行性。试验选择480只体重相近的1日龄AA雄性肉鸡,试验随机分为4个处理,每个处理120只鸡,每10只为一个重复。试验处理为日粮(有抗、无抗)和接种(接种,不接种)两个试验因素组合成4个处理。其中有抗日粮在基础日粮中添加100mg/kg金霉素,无抗日粮为不添加任何抗生素的基础日粮。基础日粮采用玉米-豆粕-棉粕型日粮。占位菌接种组于1日龄和2日龄各灌服占位菌原液0.3 ml/只,共灌服2d。试验期42 d。结果如下:菌群移植对肉鸡生长性能的影响研究分别于21和42日龄以重复为单位称重、结料,计算各生长阶段平均体重、平均日增重、平均日耗料和饲料转化效率。结果表明,全群肉鸡死淘率为4.58%,鸡只健康状况良好;饲料添加抗生素和鸡只接种占位菌未影响肉鸡各生长阶段的死淘率(P>0.05);饲料添加抗生素和鸡只接种占位菌均未影响肉鸡生长前期和后期平均体重、日增重、日采食量和饲料转化率(P>0.05)。菌群移植对肉鸡回肠和盲肠微生物组的调控机制研究利用Illumina MiSeq测序平台进行了 OTU划分和分类地位鉴定、α多样性分析、分类学组成分析、β多样性分析、菌群比较分析和关键物种筛选、菌群功能预测。结果发现,对照组盲肠包括9个菌门、16个纲、18个目、27个科、53个属和92个种,而对照组回肠包括3个菌门、6个纲、7个目、9个科、10个属和25个种。菌群移植组的盲肠检测出8个菌门、15个纲、16个目、25个科、19个属和87个种,回肠检测出2个菌门、4个纲、5个目、6个科、7个属和19个种。对照组盲肠样品中的Chao 1、ACE、Simpson和Shannon指数分别为295.64、328.79、0.95和5.70,回肠中分别为60.01、93.09、5.32和3.28。菌群移植组盲肠 Chaol、ACE、Simpson 和 Shannon 指数分别为 274.36、288.80、0.92 和 5.42,回肠中分别为79.45、84.54、0.77和3.02。对照组和菌群移植组之间鉴别出24个属和12个种具有显著差异(P<0.05)。菌群移植组Aestuariispira,Christensenella,Fervidicella,Gracilibacter,Haloferula,Mycoplasma,Novispirillum和 Pantoea 丰度较对照组高(P<0.05)。而Acidaminococcus,Alkalimonas,Anaerovorax,Brassicibacter,Caldlcoprobacter,Celluloslbacter,Cltrobacter,Cyanoblum,Desulfonispora,Desulfotomaculum,Desulfotomaculum,Fusicatenibacter和Paraprevotella 丰度较对照组低(P<0.05)。GraPhlAn 分级树结果显示,Fimicutes,Bacilli,Bacteroidetes,Clostridia,Clostridiales,Lactobacillales和Lactoillus最易受到菌群移植的影响。这些可作为未来检测菌群移植的指标。热图结果显示,与对照组相比,菌群移植显著改变了微生物区系的组成:种水平上 Olsenella,Coprobacter,Sutterella,Parabacteroides,Sporobacter,Vampirovibrio,Lutispora和Pelomonas 丰度提高,而Faeceliibacterium,Campylobacter,Acetivibrio,Paraprevotella,Odoribacter,Eisenbergiella 和Ruminiclostridium丰度下降。菌群移植后,与代谢相关的途径、遗传信息加工、细胞转化、有机体系统和疾病信息都具有差异,并且大部分代谢通路增强了,尤其是碳水化合物的代谢。综上所述,本研究首次通过16S rRNA三代测序评估了菌群移植对肉鸡肠道微生物的影响。菌群移植对肉鸡回盲微生物在门、纲、目、科、属和种水平上具有显著影响。菌群移植可迅速的重组菌群,重建肠道中放线菌、厚壁菌和拟杆菌的主导地位。菌群移植后,多数代谢通路较对照组丰度提高,特别是碳水化合物的代谢。本研究为菌群移植治疗对肠道微生物种群的影响乃至替代抗生素的方法提供了理论基础。