本文运用产业经济学、创新经济学等理论和方法分析了产学研合作创新的理论基础,从交易成本和知识耦合的角度给出了产学研合作的本质;结合区域创新体系的结构和功能,指出产学研合作创新是提升区域科技创新能力的必经之路和关键所在,通过演化博弈模型和行动博弈分析,详细深入的分析了产学研合作的各方行为模式以及强调合作才是创新的关键;分析了产学研合作创新的产权和利益机制、协同机制;结合本人在南阳的工作经验,实证剖析了南阳市的社会经济环境与产学研合作体系的构成,研究了产学研合作创新的微观运行,进而对其进行绩效评估,找出存在的问题,尝试分析原因,并提出相应的对策建议。本研究的贡献在于:(1)在方法上本研究结合演化博弈和行动博弈,从博弈论的角度深入分析了产学研合作创新的选择行为以及合作模式,更重要的,本研究给出了一个产学研合作的一个广义的演化博弈模型,对前人的工作进行了拓展;(2)本研究深入分析了产学研合作的理论基础,从交易成本和知识耦合的视角进行了深入剖析,丰富了现阶段该研究的内容;(3)本研究论证了区域创新体系的结构和功能,并指出产学研合作是区域创新的关键所在,且给出了产学研合作的产权和利益机制以及协同机制,这就从一个更全面的角度给出了产学研合作创新的整体分析范式,并为产学研合作创新和区域创新体系的结合指出了分析路径。(4)本研究结合南阳的实地调查数据,实证剖析了南阳市的社会经济环境与产学研合作体系的构成,说明政府在创新体系中的地位与作用;相对于大多数的描述性的研究,本研究结合实际数据进行了产学研合作创新的实证研究。