利用高通量测序技术对东北林蛙(Rana dybowskii)转录组和基因组分别进行了Illumina Next Seq500以及Miseq测序及拼装,获得了大量含有微卫星片段的序列并对其进行特征分析。转录组与基因组测序结果分别得到56668566条及6108401条原始序列(Raw Reads)片段用于后续生物信息学分析。经过一系列处理(包括去除低质量片段和去冗余过滤等)后得到56391524条及2524353条干净序列(Clean Reads)。将转录组Clean Reads数据de novo组装并去冗余后得到116655个Unigenes,分别对两个数据源的Unigenes和Clean Reads进行微卫星搜索及特征分析,并对两组数据源采用两种不同策略进行微卫星引物开发。对比两种数据源微卫星丰度及重复类型,微卫星出现频率相似(26.43%、24.38%),其中转录组数据结果显示2mer、3mer、4mer比例较为平均,分别为32.25%、29.12%、27.91%,基因组较比3mer较少、4mer较多(28.24%、22.07%、39.00%)。两组数据显示二核苷酸优势重复单元类型稍有不同,转录组2mer中AT/AT为优势重复单元,共6063个,占全部2mer中的61.0%;基因组中TC/AG重复数量最多,占到全部二碱基重复的45.43%,CG/CG碱基对含量极低,在转录组数据中也同样体现出来。3mer、4mer中两组优势重复单元类型相同分别为AAT/ATT、AAAT/ATTT重复类型。两个数据源共开发出15个微卫星位点,平均多态信息含量相似,分别为0.6189和0.6188。转录组SSR的平均Ho和He为0.3762和0.6484,而基因组为0.9086和0.6694,基因组位点的遗传杂合度水平略高于转录组,两者均展示出了较高的遗传变异水平。在调查评估的东北林蛙四个种群中,香农信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和固定系数(F)的均值分别为1.08、0.528、0.557、0.038。反映东北林蛙种群总体上具有较高的遗传多样性。千山山地种群与长白山北部种群具有中等程度的遗传分化,Fst值为0.08156。长白山北部种群与长白山南部、辽东山地种群间遗传分化程度很小。长白山南部、辽东山地、千山山地之间遗传分化程度较小,分别为0.02144、0.02807、0.04093。通过对其分子方差结果分析,遗传变异主要发生在个体间,占到全部变异的98%,是遗传变异的主要来源,种群间的遗传变异仅占总份额的2%。