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开发并筛选一套综合特性好的通用的SSR核心引物,对玉米种质资源鉴定、杂种优势群划分、遗传多样性分析、品种纯度及真实性检测、品种DNA指纹数据库构建等研究均具有重要的意义.然而,现有的玉米SSR引物不足以满足科研及检验的需要,标准中40对玉米引物存在的问题:引物稳定性差,缺失位点较多;连续峰等异常峰型不利于软件自动分型,需要人工校正,工作量大;2bp重复引物较多,不易实现不同共电泳平台之间的数据共享;单重扩增费时费力,与多重扩增相比优势较小。为此提出优异SSR,挑选≥3碱基重复的标记,引物侧翼序列保守性强,能够有效去除连续多峰等异常峰型,可以组合至少5重PCR或10重电泳,提高实验效率,利于不同平台实现数据整合,为此进行以下研究:首先本研究获得一套适于玉米品种鉴定的引物筛选方案,并通过大量的引物筛选获得多重PCR,引物筛选主要分为两个阶段,第一阶段为确定一套适合SSR引物评估筛选的方案,本研究以111对新的玉米SSR引物为研究对象,利用95份代表性自交系及27套三联体材料,分别用Qiagen,ABI3730两种DNA分析仪进行引物评估筛选,筛选出多态性高、稳定性好、适于自动化分型的引物,确定适合SSR引物筛选评估的方案,为今后引物设计及评估入选提供高效的筛选方案,并为提高优异SSR引物入选率奠定基础。基于上述研究的筛选过程,已确定一套适合SSR引物评估筛选的方案。第二阶段的筛选工作中,根据前期实验总结并重新设定引物开发参数,引物的质量及入选率都得到较大的提升。引物入选率较高,样品量比较大,直接使用ABI3730荧光毛细管电泳进行引物筛选,可快速获得引物在大量样品上的整体表现且效果直观。首先用22份材料进行初筛,选取表现优异的引物进入复筛阶段,22份材料中包含三份包括双亲在内的三联体材料,且亲缘关系较远,代表性较强。用93份自交系材料进行复筛,选取多态性高、稳定性好、适于自动化分型的引物90对。将入选的引物通过生物信息学进行分析,获得引物间的相互作用系数,按照相互作用较小、染色体均匀分布、片段大小相差20bp左右的原则组成5重PCR,实现10重电泳。目前已组成8个5重PCR,4个10重电泳。在引物筛选过程中挑选表现非优异的SSR引物,如N+1峰、非特异扩增、双峰、不符合孟德尔遗传定律等现象,进行描述并分析其形成原因,选取部分引物通过测序分析原因,找到两个在简单重复序列之前有InDel位点的引物,并对其中之一引物SR26829进行重新设计,获得较好效果。