近年来，习近平总书记号召大力培养和发展高新技术企业等优质市场主体，政府制定了一系列的补助政策大力支持国家高新企业的发展，各省市也开始响应号召培养以高新技术企业为首要的科技型企业。随着政府补助范围逐渐扩大，金额不断增加，相关学者却发现政府补助没有达到促进企业技术创新和提升企业绩效的预期效果，因此，如何提高政府补助使用效果就成为政府和企业都关心的话题。公司治理和内部控制作为企业的两大内部机制，公司治理可以缓解公司的代理问题，提高高层次、意愿性的决策效率；内部控制可以增强公司经营效率和效果，提高相对低层次、操作性的实施效率，两者都可以对公司进行有效地管理和监督。当政府补助资金到达公司以后，公司将两大内部机制中高层次的公司治理和低层次的内部控制相互配合，以达到有效利用政府补助资金的目的。　　本文首先根据公司治理、内部控制、政府补助使用效果等相关理论，尝试通过公司内部管理机制找到提高政府补助使用效果的路径，从而提出了相应的研究假设，文章以2011-2015在我国沪深上市的高新企业为研究对象，并在筛选之后得到1284个样本，根据所提出的研究假设基础上构建结构方程模型并运用软件AMOS实证分析，结果表明股权特征、组织规模和薪酬机制均对政府补助使用效果具有显著的正向影响。其次，本文通过检验以内部控制为中介变数，解释了内部控制是公司治理与政府补助使用效果的中介变量，在公司股权特征和薪酬机制影响政府补助使用效果的过程中发挥中介效应。最后，选择总资产周转率、公司规模以及资产负债率为结构方程模型的控制变量，稳健性检验结果验证了该模型的有效性与可靠性。最后通过实证研究得到关于公司治理、内部控制与高新企业的政府补助使用效果关系的研究结果，并在此基础上提出关于提高公司治理，内部控制质量和提高企业政府补助使用效果的意见。本文对公司治理和政府补助使用效果之间关系的探讨，可以更进一步丰富政府补助使用效果影响因素的理论研究，构建优化我国政府补助使用效果的公司治理与内部控制有机结合的治理模式，以最大限度的发挥政府补助，提高政府补助使用效果提供借鉴。