高技术产业的创新活动因其本身失败率高、投入大、见效慢等特点，创新失败、资产亏损等情况时有发生，含有负值的产出指标往往不可避免。现有的串联两阶段DEA模型无法突破经典DEA指标体系的非负限定，具有较大的局限性，需要对其进行含负改进。本文在串联两阶段DEA模型的基础上，分别根据数据预处理思路和模型改进思路，构建了两阶段含负PRE-DEA模型和两阶段含负RDM-DEA模型。实证分析部分，首先通过对比验证分析，验证本文所构建的RDM-DEA模型的准确性和有效性；然后运用RDM-DEA模型，对2012～2016年中国高技术产业的综合创新效率和子阶段效率进行了测度；最后对高技术产业创新效率的影响因素和西部地区高技术产业发展的政策应因进行了深入探究。得到了以下结论：
　　（1）对比验证分析的结果表明，相较于两阶段PRE-DEA模型，两阶段RDM-DEA模型在进行效率评价时保留了原始负指标，具有较强的适用性和较高的区分度，适用于高技术产业创新效率的评价。
　　（2）综合创新效率测度的结果表明，考察期内，全国高技术产业综合创新效率均值整体上呈逐年增长态势，东中西三个地区综合效率均值自东向西依次递减，但考察期内中部综合创新效率增幅最大，西部次之，东部最小。这一方面说明中西部地区高技术产业基础较为薄弱，发展水平较低；另一方面也说明中西部地区起步较晚，具有后发优势，近年来取得了显著的进步。
　　（3）子阶段效率测度的结果表明，各年份技术开发阶段效率都显著高于成果转化效率，这说明中国高技术产业新综合创新效率的低效主要是由成果转化阶段的低效引起的。东中西部地区高技术产业技术开发效率值均呈逐年增长态势，这与中国综合创新效率的变化趋势相吻合；而成果转化效率，考察期内只有中部地区是呈逐年增长的态势，东西部地区均有较大程度的波动。
　　基于上述结论，本文提出以下政策建议：
　　（1）对于所有高技术产业创新活动存在非有效的省份而言，加大研发资金投入强度都是提升效率最有效、最直接的方法。对于技术开发效率较低但成果转化效率较高的省份而言，可以有针对性地提高研发人员的比例。对于技术开发效率较高但成果转化效率较低的省份，可以有针对性地调整产业结构，提高第二产业和第三产业的比重。
　　（2）对于北京、山东、福建三省而言，应更侧重高技术产业的技术开发阶段。重视高水平人才的培养和引进，鼓励发明创造，着力于发展高技术产业的尖端技术和前沿科技。短期内不应过度强调经济效益，要继续加大科研投入，保证科研工作继续稳定高效的进行下去，以高技术产业核心技术的进步带动传统产业链的升级，全力推进供给侧改革。
　　（3）对于内蒙古、广西、云南三省而言，应更侧重高技术产业的成果转化阶段。上述省份应注意因地制宜，选择有利于自身发展的新兴产业和特色产业，大力发展区域特色经济。发挥自身内陆通商口岸的优势，积极响应国家一带一路政策的号召，在吸收周边省份先进技术的同时，加强与中亚、西亚、东南亚等地区的贸易合作，形成从技术输入到产品输出再到新技术输入的良性循环。
　　（4）对于西部地区，在高技术产业发展的过程中，应以成渝一体化城市群为中心，以黔陕两省为西南西北副中心，完善“一心两副”协同发展体系，国家层面应尽可能为将高技术产业创新资源尽可能投入到上述中心省份，加大金融支持力度，鼓励其作为先行地区执行试点政策，以进一步增强其创新能力和区域辐射能力。上述中心和副中心省份应在强化优化自身特色产业的基础上应继续完善产业布局，发展与周边落后省份相适应的配套产业。合理运用中心示范效应，通过与周边省份进行高技术产业技术交流、产品交互等活动带动周边省份高技术产业发展，带动其他西部落后地区发展特色产业。