我国正不断加强创新型国家建设,推动实现以创新为主要驱动力的高质量发展。进入后疫情时代,我国政府与民众对医药行业发展愈发重视。医药行业的发展关乎着个体健康,也关乎着国家安全。因此,医药行业加快改革创新的步伐刻不容缓。并且,研发成果的公共物品属性以及研发活动的正外部性和不确定性这些特征,使得政府有必要充分发挥财税政策作用,降低研发活动的外部性和风险性对企业创新的影响。分析税收优惠政策对医药制造企业创新产出的影响对营造整体创新氛围,推动我国创新发展具有深远的现实意义。本文深入分析我国医药制造企业创新与税收优惠政策的现状和问题。在此基础上,利用131家上市医药制造企业2012年至2019年的创新数据进行实证研究。实证分析中,被解释变量为医药制造企业研发取得进展的项目量,主要解释变量为税收优惠强度,构建双向固定效应模型讨论税收优惠对医药制造企业创新产出的影响。经过理论与实证分析,得出结论:对现行税收政策而言,以所得税税收优惠为主的税收优惠政策对医药制造企业的创新产出具有显著的正向激励作用。其中,研发费用加计扣除政策能显著增加医药制造企业的创新产出,而企业所得税优惠税率政策的激励效果不理想,两者间还存有替代效应。此外,以增值税为主的流转税税收优惠政策对医药制造企业创新产出的激励作用有待进一步加强。对此,结合相关经济学理论,本文提出以下政策建议:第一,完善以加计扣除为中心的所得税优惠政策;第二,酌情扩大增值税的税收返还;第三,健全税收优惠政策评估调整机制。