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研究背景丁型肝炎病毒（Hepatitis Delta Virus,HDV）是乙型肝炎病毒（Hepatitis B Virus,HBV）的卫星病毒,必须在HBV或其他嗜肝DNA病毒的辅助下才能包装成完整的病毒颗粒。HDV的感染能够引起非常严重的肝脏损伤,加速肝脏的疾病进展,提高肝硬化、肝脏失代偿、肝癌甚至死亡的风险。乙肝疫苗的实施能够有效降低HBV的感染率,减少HBV感染者,从而降低HDV的感染流行,但近几年国际研究显示,HDV的感染率呈现上升趋势,并且在人类免疫缺陷病毒（Human Immunodeficiency Virus,HIV）阳性的HBV感染人群中显著高于单独乙肝表面抗原（Hepatitis B Surface Antigen,HBsAg）阳性的人群。目前,我国HBV处于中度流行,有超过9000万人为HBV慢性感染者,并且部分地区HIV疫情严重,截止2017年11月30日,已报告我国存活的HIV感染者和获得性免疫缺乏综合症（Acquired Immune Deficiency Syndrome,AIDS）患者约 75 万人,调查显示有 6.3%-10.9%的HIV感染者合并HBV感染,HDV感染会加重肝脏损伤。因此,有必要对该部分人群进行HDV的感染情况调查,及时制定合理有效的预防措施控制HDV.的流行。本研究将对我国慢性HBV感染和HIV/HBV合并感染者进行HDV感染情况调查,评估感染相关风险因素,分析HDV、HBV和HIV-1主要流行基因型及其之间可能存在的关系,为我国HDV流行的预防和控制提供数据支持。研究方法基于Taqman探针和实时定量PCR的技术,建立双靶向HDV核酸检测的方法。采用世界卫生组织（World Health Organization,WHO）HDV国际标准品对该方法进行评价。从全国七个省市自治区（北京、内蒙古自治区、新疆维吾尔自治区、广西壮族自治区、云南省、四川省和广东省）的部分医院采集慢性乙肝肝炎患者样本3000人份,其中HIV/HBV合并感染者样本759人份,对感染者的临床信息和人口学信息进行收集。采用HDV抗体和核酸的检测方法,对收集的样本进行HDV筛查,调查我国不同地区和人群中HDV的感染情况。通过卡方检验和Logistic回归分析HDV感染的相关因素,及其对肝脏疾病进展的影响。对HDV核酸检测呈阳性的血清/血浆样品进行HDV全基因组序列的扩增和测序,获得HDV全基因组序列;对采集的样本HBV S区基因片段和HIV pol基因片段进行扩增和测序,分析三种病毒的感染模式以及分子病毒学特征。研究结果一、HDV核酸检测方法的建立本研究建立了双靶向HDV核酸检测的方法,经WHO HDV国际标准品评测,最低检出线为575 IU/ml。本研究建立的HDV核酸检测方法能够用于中国地区HDV流行毒株的检测,与HDV抗体检测方法相结合,可用于中国临床中HDV的筛查和HDV感染者中HDV病毒活动性监测。二、我国七个省市自治区HDV的感染情况调查本研究中七个省市自治区均存在HDV的感染,总体的感染率为2.63%（79/3000）。多因素Logistic回归分析发现,与HDV感染相关的因素为HIV的合并感染和研究地区,HDV的感染率在HIV/HBV合并感染人群中显著高于HIV阴性人群（aOR=9.61,95%CI:5.06-18.27）,相对于北京市研究现场,四川省研究现场的HDV的感染率显著增加（aOR=11.10,95%CI:3.73-33.08）。本研究中,我国不同地区慢性乙型肝炎患者中HDV感染率存在很大的差异,四川研究现场HDV的感染率最高,为13.88%,并且显著高于其他六个研究现场:其次是广西壮族自治区研究现场,HDV的感染率为5.32%,广东省研究现场HDV感染率为2.45%,新疆维吾尔自治区、内蒙古自治区、北京市和云南省四个研究现场HDV感染率较低分别为0.88%,0.50%,0.48%和 0.45%。本研究发现HDV感染者与非HDV感染者之间,肝脏疾病临床指标具有显著差异,在HDV感染人群中,天门冬氨酸氨基转移酶（Aspartate aminotransferase,AST）、丙氨酸氨基转移酶（Alanine aminotransferase,ALT）和总胆红素水平升高的人群比例以及乙型肝炎病毒e抗体（Hepatitis Be antibody,HBeAb）阳性的人群比例显著高于非HDV感染人群。说明HDV的感染对肝脏细胞造成了损伤,同时对乙肝病毒的复制产生了负性影响。经Logistic回归模型分析,发现四川省研究现场HDV感染的相关因素除HIV的感染外,还包括性别因素,HDV感染率在男性人群中高于女性。在广西壮族自治区研究现场,与非静脉吸毒者相比,HDV感染率在静脉吸毒者中显著增加（aOR=31.83,95%CI:4.71-215.09）。在HIV/HBV合并感染者人群中,相对于新疆研究现场,四川研究现场的HDV感染率显著增加（aOR=20.67,95%CI:2.56-166.70）,且四川研究现场HDV感染率显著高于其他研究现场;在非HIV感染的慢性乙型肝炎患者中,相对于新疆研究现场,广西研究现场的HDV感染率显著增加（aOR=16.74,95%CI:2.50-112.01）。但与广东省和四川省研究现场差异不显著。三、我国七个省市自治区慢性乙型肝炎患者中,HDV、HBV和HIV-1分子病毒学特征本研究共获得HDV全基因组序列20条,经系统进化树分析,发现中国HDV流行毒株的基因型包括HDV-1型和HDV-2a型,其中,在HDV感染率最高的四川地区,HDV的主要流行基因型为HDV-2a型。本研究共获得HIV-1 pol基因序列236条,HIV-1的主要流行亚型为CRF07BC,CRF01AE 和 B’,其次是 CRF08BC,CRF6701B,CRF57BC,CRF65cpx,CRF68-01B。另外,在北京和四川研究现场出现了新的重组型。北京研究现场HIV-1的主要流行亚型为CRFO1AE（51.61%）,CRF07BC（31.18%）和 B’（10.75%）;四川研究现场 HIV-1 的主要流行亚型为CRF07BC（92.5%）和CRF01AE（3.75%）;广东省研究现场HIV-1的主要流行亚型为 CRF07BC（46%）,CRF01AE（22%）和 CRF5501B（16%）。本研究共获得790条HBVS区序列,构建系统进化树分析,HBV的基因型为HBV-C型（52.03%）,HBV-B 型（28.86%）,HBV-D 型（18.10%）,和 HBV-I 型（0.25%）以及6例新的重组基因型。在各研究现场之间HBV基因型分布存在显著性差异。北京、云南省和内蒙古自治区研究现场的HBV基因型以C型为主,广东省和广西壮族自治区研究现场以HBV-B型为主,新疆维吾尔自治区研究现场以HBV-D型为主（约占84.11%）,四川省研究现场HBV-B型和HBV-C型均为主要的流行基因型,另外还存在两例HBV-Ⅰ型。本研究中HDV感染者的HBV基因型以HBV-B型和HBV-C型为主,HDV/HBV/HIV合并感染者中,HIV的基因型为CRF07BC,但HBV基因型和HIV基因型在HDV感染者中的分布与HDV阴性人群没有明显差异,均属于当地主要的流行基因型。结论本研究建立了 HDV核酸的检测方法,经WHO国际标准品评价后,最低检测线为575 IU/ml。近几年,首次对全国七个地区进行较大规模的慢性乙型肝炎患者以及HIV/HBV合并感染者中HDV感染情况调查,发现HDV在我国整体为低流行趋势,但是四川省研究现场的HIV感染者和广西壮族自治区的静脉吸毒者为HDV感染的高危人群。本研究也发现HDV的感染可能会对肝脏细胞产生损伤,加重疾病的进展。因此,有必要对我国慢性HBV感染者中的疑似HDV感染进行HDV的筛查,及时指导临床用药。对于我国四川研究现场（凉山彝族自治州）和广西壮族自治区研究现场需要提高HBV疫苗的覆盖率,特别是HIV阳性的人群和静脉吸毒人群,降低HBV的感染率,提高HDV的预防和控制。本研究为中国大陆地区对HDV流行的预防和控制提供了一定的数据支持。