玉米小斑病是由半知菌亚门、平脐蠕孢菌属、玉蜀黍平脐蠕孢菌（Bipolaris maydis）引起的玉米叶斑病，是我国玉米产区为害严重的主要病害。玉米小斑病菌存在生理分化现象，主要存在T、C、O三个生理小种。随着玉米品种的更新和栽培制度的变革，玉米小斑病的为害和病原菌的分化都在发生新的变化，明确病原菌分化和致病力的变异趋势对玉米小斑病的防治和抗病育种具有重要意义。经研究本文取得以下结果：1.黄淮海地区玉米小斑病菌生理小种的种类及发生频率：对2009年和2010年在黄淮海地区采集的204株玉米小斑病菌菌株进行生理小种鉴定，结果表明：黄淮海地区存在T、C、O小种以及S型菌株4种类型，O小种的分离频率明显高于其他小种，是黄淮海地区的优势小种。O小种具有不同致病力，其强致病力菌株平均分离频率在山东省最高，为20.11%，中等致病力菌株平均分离频率在河南出现最高，为58.65%，弱致病力的平均分离频率在河北最高，为35.24%。2.玉米小斑病菌O小种致病力变异趋势研究：随着玉米小斑病菌在不同抗性品系上连续侵染代数的增加，小斑病菌的O小种强致病力和弱致病力菌株的产孢量和致病力都有增强的趋势，弱致病力菌株在感病自交系上继代后产孢量比在抗病自交系上产孢量高，强致病力菌株在抗病自交系上继代培养后的菌丝产孢量比在感病自交系上继代的菌丝产孢量高。3.基于AFLP技术的玉米小斑病菌遗传多样性分析：本研究采用两套酶切系统----HaeⅢ和PstⅠ双酶切和EcoRⅠ/MseⅠ双酶切建立了AFLP反应体系，对玉米小斑病菌进行了遗传多样性分析。采用HaeⅢ和PstⅠ双酶切体系，对98株玉米小斑病菌菌株进行遗传多样性分析发现，玉米小斑病菌在不同生理小种、区域和年份上均具有显著的遗传差异性。采用EcoRⅠ/MseⅠ双酶切体系，对包括上述98株在内的111株玉米小斑病菌进行遗传多样性分析发现，菌株仅在年份上具有差异性。说明HaeⅢ和PstⅠ双酶切体系进行玉米小斑病菌遗传多样性分析时要优于EcoRⅠ/MseⅠ双酶切体系。同时，利用AFLP体系验证了玉米小斑病菌继代培养后其生物学特性和致病力都发生了变化。因此，利用基于HaeⅢ和PstⅠ双酶切的AFLP体系将为明确玉米小斑病菌生理分化和时空分布趋势提供快速准确的研究手段。