HP-PRRS的暴发给我国养猪业带来了巨大的经济损失，但其分子致病机制尚缺乏研究。本研究利用蛋白质组学方法，筛选出HuN4株HP-PRRSV感染仔猪不同时期肺脏、颌下淋巴结和血清的差异蛋白谱，明确了差异蛋白在HP-PRRS发生过程中的动态变化情况，并对差异蛋白进行生物信息学分析，在系统生物学研究方面进行了初步探索。本研究将有助于揭示HP-PRRS发病机制的分子基础，对该病疫苗研制和抗病育种具有重要的理论和实际意义。肺脏是PRRSV的靶器官，本研究采用2DE技术分析了HuN4感染仔猪6h、12h、24h (1d)，3d，7d，14d后肺脏蛋白质表达模式的变化，共发现20个差异蛋白点，经MALDI-TOF/TOF质谱鉴定出17个点，代表了14种蛋白质，包括细胞骨架、氧化还原酶、生物合成、细胞代谢、脂肪分化相关蛋白、白蛋白、免疫应答、蛋白翻译后修饰加工和转录调节蛋白等。其中，所有酶类和细胞骨架蛋白皆下调，说明肺脏的正常功能受到严重影响。生物信息学分析发现，Q31068(MHC PD14transplantation antigen)在肺脏蛋白相互作用中起核心作用。细胞骨架蛋白Q2XQY5和B5APU3以及肿瘤抑制因子B8XSI6在肺脏蛋白相互作用中都为结点蛋白。这些蛋白的变化为了解PRRSV引起的呼吸道症状提供线索。淋巴结是机体产生免疫反应的器官。HuN4感染仔猪颌下淋巴结和肠系膜淋巴结发生肿大、出血。采用2D-DIGE技术分析HuN4感染仔猪1d、3d、7d后颌下淋巴结蛋白质组，共发现22个差异蛋白点，经质谱鉴定成功20个，代表19种蛋白质。其中，3个细胞骨架蛋白(plasma gelsolin precursor, actin related protein2/3complex subunit3和actin-related protein2-like protein)集中下调，说明淋巴结的结构和功能受到损害。3个热休克蛋白HSP60、HSP70和gp96集中上调，说明淋巴器官在病毒感染后产生了强烈的免疫应答。另外，具有广谱抗病毒活性的Mx1发生下调，多种参与转录调节以及蛋白翻译后修饰的差异蛋白分别在基因和蛋白水平调控基因的合成表达。差异点中还包括5种血浆蛋白质，生物信息学分析发现其中的P01965(Porcine Hemoglobin)是颌下淋巴结蛋白相互作用网络的核心蛋白。以上蛋白的变化不仅证实淋巴组织受到严重损害和病变，也为进一步了解HP-PRRSV感染机体免疫应答提供了思路。为了降低实验动物的遗传背景，本研究选择同一窝健康仔猪进行血清蛋白质组学研究。在HuN4感染后4个不同的时间点1d、3d、7d和14d采血并分离血清，利用2D-DIGE和质谱鉴定技术分析血清中蛋白的变化情况。结果发现PRRSV引起仔猪血清中补体C1s亚组分前体，α1-抗胰凝乳蛋白酶家族成员和触珠蛋白表达上调，载脂蛋白表达下调。变化的蛋白大多属于急性期蛋白，在免疫相关活动中发挥广泛作用，并参与抗炎调节。生物信息学分析显示补体蛋白和触珠蛋白的作用最为核心，抗胰凝乳蛋白酶也是重要的结点蛋白。以上蛋白的变化情况为了解HP-PRRSV致病性提供了宿主血清方面的信息。本研究提供了HP-PRRSV HuN4株感染仔猪不同时间点肺脏、颌下淋巴结和血清中蛋白表达模式的变异情况，对差异蛋白点的功能及其参与的蛋白质相互作用网络进行了生物信息学分析，是迄今为止PRRSV感染仔猪最全面的系统生物学方面的研究。综合分析肺脏、颌下淋巴结和血清差异蛋白参与的蛋白质相互作用网络，发现多个结点蛋白。其中，MHC和补体蛋白发挥核心的免疫调节功能；血浆触珠蛋白、转铁蛋白、血红蛋白等通过调节氧、铁的平衡来影响机体的能量系统；细胞骨架相关蛋白参与细胞动力学的调节，与细胞结构的完整性、物质运输和能量代谢息息相关；转录调节蛋白则控制多种基因的合成。这些结点蛋白具有多重的调节功能，为了解HuN4感染仔猪发病过程中蛋白相互作用研究和病毒致病机制提供了切入点。