知识经济的时代背景下，国际竞争已经从资源和资本竞争转化到高尖端科技的竞争上来，国与国的较量已逐渐侧重于新科技的投产和新装备的比拼，掌握科技前沿技术和拥有高端科技也成为各国共同追求的目标，因此中国高技术企业的现状和未来发展趋势关系着中国能否在激烈的国际竞争中占得先机，实现国家核心竞争力的提升和综合国力的提高。高技术企业处在尖端技术的最前沿，在不断创新创造新科技的同时更重要的是有效管理现有知识产权，运用专利及其他知识产权制度的特性和功能，对知识产权的开发、保护和运营进行总体安排和统一谋划。因此从高技术企业的自身条件、技术环境和竞争态势出发实施知识产权战略，构建完备有效的知识产权管理系统是国家科技兴国的重要依托，是维护国家第一战略储备的重要保障，是催发高技术企业积极创新的动力，担负着保持和发展自主创新能力和自主知识产权的重要使命，对维护国家利益和经济安全具有重要意义。本文首先对高技术企业知识产权管理系统的概念和特征进行阐述，在此基础上借鉴了国外高技术企业知识产权管理的现有成果，对中国高技术企业知识产权管理系统进行深入研究，美国、德国、韩国和日本等国家先进的知识产权管理理念和管理模式为中国高技术企业知识产权管理系统的建立提供了指导；对国内外高技术企业知识产权现状进行比照分析的基础上找出中国高技术企业知识产权取得的成果和存在的不足；运用系统理论和知识产权相关理论根据国内知识产权具体环境从知识产权开发、知识产权保护、知识产权运营三个维度构建了中国高技术企业知识产权管理系统，分别研究组成中国高技术企业知识产权管理系统的三个子系统，即知识产权开发子系统、知识产权保护子系统和知识产权运营子系统，运用机制理论和协同理论细致探究中国高技术企业知识产权管理系统的运行机制和各个子系统内部及之间的运行机制，构建整体系统和子系统的运行机制模型；根据中国高技术企业知识产权管理系统的运行特点，从知识产权开发、知识产权保护、知识产权运营三个维度构建了中国高技术企业知识产权管理系统初选评价指标体系，并运用群组决策特征根法对评价指标体系中的关键要素进行识别，在此基础上运用DEA-TOPSIS结合10家典型高技术企业，对他们的知识产权管理系统的运行状况进行实证分析，最后结合中国知识产权的实际和未来国家战略重心从宏观层面、中观层面和微观层面提出保障中国高技术企业知识产权管理系统顺利实施的对策。