本研究对猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的非结构蛋白编码区，包括ORF1（ORF1a、ORF1b），5’端非编码区（Non-Coding Region，NCR）和3’端非编码区（NCR）分别进行了分子克隆和测序，并对其分子特征作了分析。结果表明，PRRSV CH-1a株的5’NCR长190nt，与VR-2332株5’NCR的核苷酸同源性为94.1％，而和LV株的5’NCR差异则较大，其核苷酸同源性只有61％。但是PRRSV在该区仍存在一些保守性基序。在5’前导序列的5’末端有一个12nt的保守性序列；在其3’末端的约42个核苷酸也较为保守。另外，紧挨ORF1a起始密码子上游也有一个高度保守的基序：5’UUUAACC3’，有研究证明，该保守性序列的作用是连接5’前导序列与各亚基因组mRNAs。 对PRRSV CH-1a株的复制酶基因（ORF1）进行了分子克隆，应用有关的分子生物学软件对其序列及其编码产物进行了分析。结果表明，ORF1基因全长11882个核苷酸，其中ORF1a长7512nt、ORF1b长4374nt。CH-1a株的ORF1序列与VR2332株的ORF1序列的核苷酸同源性较高。其中ORF1a的核苷酸同源性为89％，ORF1b的核苷酸同源性为92％；而与LV株ORF1基因的同源性则较低，其ORF1a、ORF1b的同源性分别为54％和63.3％。 ORF1编码的产物为2个聚合蛋白，其中ORF1a所编码的聚合蛋白经水解酶切割后产生6个成熟的非结构蛋白（NSPs），在这6个非结构蛋白中，以NSP2的变异最为显著，该蛋白可能具有种属特异性功能，具有耐受插入突变、碱基变异的能力。CH-1a株NSP2与VR2332株NSP2的同源性为81％，与LV株NSP2的同源性仅为41％。ORF1b编码的聚合蛋白经蛋白酶切割后，也产生4个成熟的非结构蛋白包括病毒的复制酶（RdRp）。相对于ORF1a编码区来说，ORF1b编码区较为保守，但是其C端的CP4蛋白仍有较大的变异性。与VR2332株的同源性为96％，与LV株的同源性则为48％。在ORF1a终止密码子前有一个庚核苷酸滑动序列和一个拟节结构，它们是ORF1b基因经由核糖体移码翻译所必需的保守性结构。 PRRSV CH-1a株3’NCR长151个核苷酸，比LV株长37nt，其同源性为78.2％。在其末端有一个poly（A）尾巴，长20个碱基。与VR2332株相比，3’NCR的同源性为95.4％。紧贴Poly（A）尾巴上游有一个八核苷酸序列，与LV株相同，在动脉炎病毒中该区都是高度保守的。有资料表明，该保守性基序在病毒的复制过程中起着重要作用。 以上研究结果表明，PRRSV CH-1a株同LV株的遗传距离较远，而和VR-2332株的遗传距离较近，进一步证实流行于我国的PRRSV，在基因型上属于美洲型。 本研究首次克隆了PRRSV CH-1a株的复制酶基因和非编码区，并对其分子特征作了研究。不仅为PRRSV CH-1a株感染性cDNA分子克隆的构建奠定了物质基础，也为研究PRRSV的复制、转录和翻译的机制提供了有益的分子生物学资料。