我国企业在物流成本管理上普遍存在物流成本的核算不清晰、控制的目标不明确等问题,致使企业的物流成本始终处于非常高的位置,这严重影响了企业经营效益和盈利水平。直至现在,我们国家还没形成和构造一个一致的对物流成本费用进行核算与控制的系统。对于物流成本所包含的内容以及物流成本内容的结构,理论界尚未得出统一的结论,这对于我国企业发展自身的物流成本管理有严重的阻碍。根据“第三利润源”理论,如何准确计算和高效控制企业的物流成本是使第三利润源泉得以实现的保障,同时也是企业增进自身管理能力并且提升其市场竞争力的关键之处。所以,对于物流成本管理而言,其核心的内容就是物流成本的核算与控制。HS制药是一家以生产中成药和化学药为主的高新技术民营企业,公司目前在物流成本的核算和控制方面并没有形成一个完整的系统,物流成本费用仅仅是在目前的财务会计核算体系之下,由销售部门的相关人员对物流成本费用进行简单的归集,而后将其交由财务部的相关人员进行处理。文章首先介绍了HS制药在物流管理方面的情况,包括物流成本的核算与控制,分析了HS制药现阶段在物流成本的核算方面以及物流成本的控制方面存在的问题。接着根据HS制药的具体情况,文章认为可以采用会计核算的方法对HS制药的物流成本的情况进行核算。依据其计算的实际结果,对HS制药物流成本进行必要的分析。针对HS制药物流成本核算管理中存在的问题,提出了建立“双轨制”成本核算体系、加强成本控制、提高成本管理意识等具体改进措施和建议。本文的研究,对HS制药改进其物流成本,提高公司经营效率有较好的实践价值。同时,对同行业其他企业改进物流成本管理水平也提供了一定的参考。